唐氏综合征人皮层发育单细胞多组学图谱-体外神经祖细胞-PKNOX1、BACH1和GABPA反义寡核苷酸处理(批量RNA测序数据集)

该数据集来自NCBI GEO,标题为唐氏综合征人皮质发育单细胞多组学图谱项目中的体外神经祖细胞反义寡核苷酸处理部分,针对PKNOX1、BACH1和GABPA三个基因进行干预,采用Bulk RNA-seq检测表达谱

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基因组回归GPL280389606
GSE305132: Single-Cell Multiomic Atlas of Human Cortical Development in Down Syndrome - Neural Progenitors in vitro - Treatment with Antisense Oligonucleotides for PKNOX1, BACH1 and GABPA (Bulk RNA-seq Dataset)

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

唐氏综合征人皮层发育单细胞多组学图谱-体外神经祖细胞-PKNOX1、BACH1和GABPA反义寡核苷酸处理(批量RNA测序数据集)

Single-Cell Multiomic Atlas of Human Cortical Development in Down Syndrome - Neural Progenitors in vitro - Treatment with Antisense Oligonucleotides for PKNOX1, BACH1 and GABPA (Bulk RNA-seq Dataset)

该数据集来自NCBI GEO,标题为唐氏综合征人皮质发育单细胞多组学图谱项目中的体外神经祖细胞反义寡核苷酸处理部分,针对PKNOX1、BACH1和GABPA三个基因进行干预,采用Bulk RNA-seq检测表达谱。数据包含1个文件GSE305132_series_matrix.txt.gz,物种为人(9606),平台为GPL28038。可用于研究21号染色体基因剂量增加如何影响皮质发育相关转录网络,以及反义寡核苷酸处理对神经祖细胞基因表达的影响(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Aug 11 202。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):唐氏综合征由21号染色体多出一条拷贝引起,是最常见的遗传性智力障碍,影响高达每700名活产婴儿中的1名。然而,人类21号染色体上约200个蛋白编码基因的剂量增加如何影响皮质发育和功能仍不清楚。在此,我们生成了妊娠中期(受孕后11-20周)人类胎儿皮质的单细胞转录组和染色质可及性图谱,这是皮质发育的关键时期。我们发现了早期全局转录网络紊乱,微妙地改变了约1000个参与神经发育和功能的基因,主要发生在兴奋性神经元中。这些变化反映了智力障碍和癫痫等临床表型,伴随着第4层神经元的显著减少,并由包括21号染色体基因在内的转录因子网络驱动。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:GPL28038、9606。本站分类:神经系统疾病/其他。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305132

【使用注意】

· 源站最后修改于 Mar 24 202,引用时请注意版本时效。

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

唐氏综合征由21号染色体多出一条拷贝引起,是最常见的遗传性智力障碍,每700名活产婴儿中约有1例受累。然而,人类21号染色体上约200个蛋白编码基因的剂量增加如何影响皮层发育与功能,仍不清楚。在此,我们构建了妊娠中期(受孕后11-20周)——皮层发育的关键时期——人类胎儿皮层的单细胞转录组和染色质可及性图谱。我们发现了一个早期全局转录网络紊乱,微妙地改变了约1000个参与神经发育和功能的基因,主要影响兴奋性神经元。这些变化反映了智力障碍和癫痫等临床表型,伴随着第4层神经元的显著减少,并由包括21号染色体基因BACH1、PKNOX1和GABPA在内的转录因子网络驱动。最后,异种移植模型重现了关键分子特征,为验证新的治疗靶点提供了一个实验平台。

该资源定义了唐氏综合征发育中人类大脑皮层的基因调控景观,揭示了其神经表现最早已知的分子和细胞特征,以及新的治疗干预候选靶点。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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