GSE301357：T2细胞因子生物标志物高与低的重症哮喘气道转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301357

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

2型（T2）细胞因子驱动的重症哮喘嗜酸性加重对靶向生物治疗有反应，但当T2细胞因子生物学受到抑制时，残余疾病表达的机制尚不清楚。病理学研究表明，持续的肥大细胞活化和持续的气道重塑是导致症状、肺功能下降和非T2疾病的重要因素。在缺乏T2生物学的情况下，驱动这些哮喘特征的分子机制尚不明确。旨在探索T2生物标志物高和低的重症哮喘中失调的分子通路。将T2生物标志物高的重症哮喘（T2-high，n=18）与生物标志物中等（T2-intermediate，n=23）和生物标志物低（T2-low，n=11）的重症哮喘以及健康对照（n=20）进行比较。支气管镜样本通过bulk RNAseq进行分析。治疗优化后的哮喘，独立于治疗性皮质类固醇的混杂影响，其特征为黏蛋白MUC5AC、MUC2、溶菌酶、CEACAM5、SYNCRIP、典型T2基因POSTN和IL33、转录因子FOS的上调；以及调节TGF-β活化和气道重塑的ITGB8的上调。

在比较不同表型时，类固醇抵抗性T2高型重度哮喘的特征是预期T2高表达基因、上皮屏障基因和角蛋白的上调。T2低型哮喘则更多以Th1和Th17相关基因为特征，包括IDO1、CXCL10、GBP1、T细胞检查点受体LAG3、神经免疫基因SGC2和CALCA，以及肥大细胞的富集。类固醇反应性T2中间型哮喘的显著特征在于抗菌肽BPFIA1的表达、病毒激活特征、肥大细胞和NK细胞的富集，以及与病原体防御相关的独特转录因子NFKB1、TBX21、IRF1、IRF2、BATF和STAT2。我们已鉴定出三种主要哮喘表型，不受治疗性皮质类固醇混杂因素的影响，并识别出以下独特基因集和通路：

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。