肠道感染致小鼠肠道菌群失调调节远端生物材料植入物异物反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293564

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

肠道微生物群影响全身免疫以及远端组织（包括大脑、肝脏、皮肤、肺和肌肉）的功能。然而，肠道微生物群在异物反应（FBR）和纤维化中的作用在很大程度上尚未被探索。为了研究这一联系，我们通过感染致病性细菌物种产肠毒素脆弱拟杆菌（ETBF）来扰动小鼠肠道微生物群的稳态，并将合成聚合物聚己内酯（PCL）的颗粒材料（平均粒径<600 μm）植入远端肌肉损伤处。小鼠的ETBF感染导致中性粒细胞和γδ T细胞向PCL植入部位的浸润增加。单独ETBF感染促进了全身性炎症，增加了淋巴组织中的中性粒细胞水平，并改变了骨骼肌基因表达。在PCL植入部位，我们发现感染小鼠与对照小鼠之间分选基质细胞的转录组存在显著变化，包括与ECM成分如蛋白聚糖和糖胺聚糖相关的差异。然而，我们未观察到ETBF诱导的纤维化水平差异。

这些结果表明，肠道微生物群能够介导远距离效应，例如对远端生物材料植入物的免疫和基质反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。