模拟新生小鼠小胶质细胞全程序性细胞死亡以解锁成年小鼠脊髓损伤再生潜力 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285895

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在成年哺乳动物中，脊髓损伤（SCI）后程序性细胞死亡（PCD）失调会通过导致神经元丢失、加剧炎症和破坏组织修复来损害再生。然而，PCD通路之间复杂的相互作用使得有必要建立一个SCI特异性的多样化细胞死亡（pan-PCD）框架，以量化PCD动态并确定治疗靶点。在此，我们发现，与成年动物不同，新生哺乳动物由于平衡的PCD反应而表现出更优越的再生能力，使其成为模拟pan-PCD水平以促进再生的宝贵模型。为解决这一问题，我们引入了“Thanatoset”，一个pan-PCD基因组合，以全面分析SCI中的细胞死亡动态。在各种细胞类型中，小胶质细胞被确定为pan-PCD的关键介质，在成年小鼠中表现出更高的易感性。通过计算药物筛选，我们鉴定了Withaferin A（WFA），一种能够将小胶质细胞PCD重编程为新生样再生状态的化合物。

体外和体内实验表明，WFA可调节NF-κB信号通路，减轻炎症、改善运动功能、减少瘢痕形成并促进神经元恢复。这些发现凸显了调控泛程序性细胞死亡（pan-PCD）以恢复成年个体再生能力并改善脊髓损伤（SCI）预后的治疗潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。