GSE277987：化学标记记录细胞蛋白激酶活性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277987

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

蛋白激酶调控大多数细胞过程，激酶活性异常涉及众多疾病。为研究异质性细胞群体及体内特定激酶活性与细胞表型之间的联系，我们引入了激酶活性分子记录器以供后续分析。基于split-HaloTag和磷酸化依赖性分子开关，我们的记录器在特定激酶活性和荧光HaloTag底物存在下被快速标记。给定细胞中的激酶活性控制荧光标记的程度，而记录窗口则由荧光底物的存在设定。我们为四种蛋白激酶设计了特异性记录器，包括蛋白激酶A。我们应用蛋白激酶A记录器对异质性细胞群体进行分选以用于后续转录组分析、在全基因组CRISPR筛选中发现PKA活性的调控因子，以及在自由活动小鼠中追踪神经调控。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。