VZV劫持成熟hiPSC来源神经球中I型干扰素应答与抗原呈递通路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE273529

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

水痘-带状疱疹病毒（VZV）脑炎和脑膜炎是原发性VZV感染或再激活后可能发生的中枢神经系统（CNS）并发症。鉴于先天免疫信号传导，尤其是I型干扰素（IFN）信号传导，是抵御VZV感染的重要一线细胞防御机制，我们在此研究了人类类CNS环境中的先天免疫应答触发情况。为此，我们建立并表征了一种经5个月成熟的hiPSC来源神经球（NSPH）模型，该模型包含TuJ1+ MAP2+ NeuN+神经元以及GFAP+ S100b+ AQP4+ CD49f+星形胶质细胞。在使用促炎刺激混合物刺激后，这些NSPH分泌IL-6和CXCL10，证明了其免疫能力。随后，NSPH被VZV报告株（eGFP-ORF23 VZV）和仙台病毒（eGFP SeV）感染。活细胞和免疫细胞化学分析显示NSPH内存在VZV感染，而SeV感染仅限于NSPH外边界。接下来，使用NanoString技术进行转录本水平的免疫谱分析，以探索病毒感染NSPH的先天免疫特征。

尽管感染SeV的NSPH显示出明显的I型IFN应答，但在感染VZV的NSPH中未激活I型IFN应答。更进一步的是，在后者中观察到与IFN信号传导和抗原呈递相关的基因受到强烈抑制。为验证VZV和SeV感染的NSPH中这些相反的免疫特征，对NSPH上清液进行细胞因子谱分析显示，感染SeV的NSPH分泌IL6和CXCL10增加，而感染VZV的NSPH则未增加。同样，免疫细胞化学分析表明，感染SeV的NSPH中I型IFN激活的抗病毒蛋白Mx1、IFIT2和ISG15上调，而感染VZV的NSPH中则未上调。此外，发现MHC II类抗原呈递通路的关键组成部分CD74在感染VZV的NSPH中受到抑制。最后，尽管VZV感染在NSP中似乎在免疫学上被忽视

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。