麻疹病毒集体感染单元致致死性脑病相关cbDVG数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE272560

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在培养细胞的病毒复制过程中，可产生拷贝回缺陷病毒基因组（cbDVG）。cbDVG是体外先天免疫反应的强效诱导物，但其在人类宿主自然感染中的发生情况及影响仍不明确。我们探究了一例在急性麻疹病毒（MeV）感染约20年后死于亚急性硬化性全脑炎（SSPE）的患者脑内是否产生了cbDVG。此前对该患者13份脑标本的分析表明，一个集体感染单位（CIU）驱动了致死性MeV传播。在本研究中，我们鉴定出276种具有复制能力的cbDVG，每种在脑内存在超过100个拷贝。其中6种在多个前脑区域被检出，提示它们随CIU进行了长距离传播。cbDVG与全长基因组的比值通常接近1（0.6-1.74）。大多数cbDVG长度为324-2000个碱基，相当于全长基因组的2-12%；所有cbDVG均预测具有互补的末端序列。若包装不当，这些序列有可能形成可诱导先天免疫反应的双链结构。

为评估这一点，我们检查了所有脑标本的转录组。若干干扰素和炎症反应基因表达上调，但上调水平与标本中的cbDVG水平不相关。因此，驱动该脑中MeV致病性的CIU除了包含两个互补的全长基因组群体外，还包括许多局部受限的cbDVG种类和少数广泛分布的cbDVG种类。广泛分布的cbDVG种类可能受到了正向选择，但它们如何影响致病性仍有待确定。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。