中枢神经系统血管床体内内皮细胞翻译组比较分析（Tie2）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270197

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

内皮细胞（ECs）表现出器官和组织特异性异质性。在眼中，视网膜和脉络膜血管床是不同的网络，具有不同的形态和功能特征，前者代表紧密屏障，后者为可渗透的有孔血管系统。鉴于视网膜健康关键依赖于这些血管床的功能，且其功能障碍涉及多种视网膜疾病，因此在分子水平上理解这些不同血管系统的生理和病理生理特征至关重要。鉴于其在实质细胞中穿插的解剖分布，体内EC基因表达研究一直受到难以分离足够数量纯眼部EC群体用于大规模转录组学的阻碍。

为应对这一挑战，我们提出了一种方法学和分析工作流程，以促进使用Cre诱导型NuTRAP flox构建体和两种广泛使用的内皮cre小鼠品系（组成型Tie2-Cre和他莫昔芬诱导型Cdh5-CreERT2）从脉络膜、视网膜和脑中分离的体内EC翻译组进行组织间比较，这两种品系表达EGFP和mCherry标签，用于细胞特异性分离细胞核和核糖体。在每个模型中，TRAP-RNAseq富集（TRAP翻译组与输入转录组）的组织间比较显示组织特异性基因富集，并具有差异性的通路代表性。对于每个小鼠模型，EC翻译组的组织间比较（脉络膜与脑、脉络膜与视网膜、脑与视网膜）显示，三个配对比较之间差异表达基因（DEG）的重叠超过50%，且每个组织具有差异性的通路代表性。在视网膜、脉络膜和脑中，Cdh5-NT与Tie2-NT比较中DEG的通路分析预测髓系细胞功能和激活相关过程受到抑制，这与Cdh5-NT相比t中更特异性地靶向EC一致。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。