CTCF/cohesin组织染色质-核散斑关联基态数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268622

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞核内的染色质间空间含有多种无膜核体。近期研究结果表明，核斑作为一种独特的核体，在基态下与某些染色质区域发生相互作用。关键问题在于这种染色质-核斑关联的基态是如何建立的，以及这一层核组织具有怎样的基因调控作用。我们在此报道，染色质结构因子CTCF和黏连蛋白是DNA与核斑之间实现完全基态关联所必需的。通过CTCF耗竭或黏连蛋白耗竭破坏基态DNA-核斑接触，对核斑相关基因的基础水平表达影响轻微，然而我们展示了其对核斑相关基因刺激依赖性诱导的强烈负面影响。我们在黏连蛋白亚基RAD21中鉴定出一个推定的核斑靶向基序（STM），并证明该STM是染色质-核斑关联所必需的。

与CTCF或RAD21的减少相反，黏连蛋白释放因子WAPL的耗竭使黏连蛋白在染色质和DNA-斑点接触处稳定，从而导致斑点相关基因的诱导性增强。此外，我们在来源于Cornelia de Lange综合征（CdLS）患者的细胞中观察到染色质-核斑点关联的破坏，CdLS是一种涉及黏连蛋白通路缺陷的先天性神经发育诊断，从而揭示核斑点作为治疗探究的途径。总之，我们的发现揭示了一种建立染色质-斑点关联的基础组织状态、促进基因诱导性并与人类疾病相关的机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。