lamin B1与lamin B2异染色质分配的全基因组NEED-seq研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE261834

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因表达受染色质DNA甲基化及其他特征调控，包括组蛋白翻译后修饰（PTMs）、染色质重塑因子和转录因子占据。全面理解基因调控将需要在少量细胞样本中绘制这些染色质特征图谱。在此，我们描述了一种新型全基因组染色质分析技术，命名为切口酶表位靶向DNA测序（NEED-seq）。NEED-seq通过Nt.CviPII-pGL融合实现抗体靶向的受控切口，以研究甲醛固定细胞中的特定蛋白质-DNA复合物，使表位结合的染色质能够在视觉和基因组分辨率上得到解析。应用于细胞核时，NEED-seq获得了染色质相关蛋白和组蛋白PTMs的全基因组图谱。此外，对核纤层蛋白B1和B2的NEED-seq分析表明它们与异染色质相关。核纤层蛋白B1和B2相关结构域（LAD）分离为三种不同状态，且LAD较强的状态与异染色质标记相关。Hi-C分析显示A和B区室中核纤层蛋白B1和B2分布相等，尽管甲基化DNA在B区室中仍然较高。

利用Hi-C对LAD进行聚类分析得到了亚区室，其中核纤层蛋白B1和B2分别划分至兼性异染色质和组成性异染色质，并与神经元发育相关。因此，核纤层蛋白B1和B2在哺乳动物细胞核中表现出结构和功能上的分区。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。