结节性痒疹与银屑病及特应性皮炎的神经免疫基因特征比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE261704

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数据说明

结节性痒疹（PN）是一种致衰性神经免疫性皮肤病，以瘙痒性、隆起的结节性皮损为特征。银屑病和特应性皮炎（AD）的经典特征分别为Th1/Th17和Th2极化，但PN的神经炎症特征仍不明确。我们通过转录组分析，采用定制的神经炎症聚焦NanoString panel（包含770个基因），对25例PN患者、27例AD患者、15例银屑病患者和12例健康对照（HC）的皮损及非皮损皮肤活检样本进行了分析，以表征PN相较于AD、银屑病和HC的神经免疫表型。对受累与未受累皮肤的分析显示，三种疾病中均存在与Th1、Th2和Th17活化相关的差异表达基因（DEGs，倍数变化>1.5，p<0.05）。与AD和银屑病相比，PN中上调的DEGs主要与细胞外基质重塑或神经功能相关。与银屑病相比，PN中IL-31表达上调，但与AD相比无此差异。与AD相比，PN中下调的DEGs与Th2活化和谷氨酸受体相关；与银屑病相比，下调的DEGs则与Th1和Th17活化相关。

PN具有独特的神经炎症特征，与AD和银屑病相比，表现为Th1/Th17和Th2免疫轴的中间型激活，并伴有ECM失调、神经元异常及IL-31活性水平升高。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。