CHD4调控发育内耳螺旋神经节神经元轴突导向的染色质结合谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE250033

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数据说明

染色质结构域解旋酶结合蛋白4（CHD4）是一种ATP依赖的染色质重塑因子——CHD4的从头致病性变异可导致Sifrim-Hitz-Weiss综合征（SIHIWES）。SIHIWES患者表现为发育迟缓、智力障碍、面部畸形和听力损失。包括螺旋神经节神经元（SGNs）在内的多种耳蜗细胞类型均表达CHD4。SGNs是将声音信息从耳蜗传出的主要传入神经元，但CHD4在SGNs中的功能尚不清楚。我们采用Neurog1（Ngn1）CreERT2 Chd4条件性敲除动物，在SGNs中敲除Chd4。SGNs分为I型和II型神经元。缺乏CHD4的SGNs表现为I型神经元束化异常以及II型纤维投射路径异常。利用永生化多能耳祖细胞来源神经元中CHD4与染色质的结合，鉴定SGNs中的候选靶基因。对CHD4靶基因的基因本体分析揭示了参与轴突导向、轴突束化和ephrin受体信号通路的细胞过程。我们验证了Chd4条件性敲除耳蜗的SGNs中Epha4转录本增加。

结果表明，CHD4减弱轴突导向基因的转录，从而形成SGN外周投射的定型模式。这些结果揭示了表观遗传变化如何通过调节轴突导向分子的表达来影响神经回路布线，并为神经发育疾病提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。