CTCF/cohesin组织染色质-核散斑关联基态的RNA-Seq数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE248102

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞核内的染色质间空间含有多种无膜核体。近期研究结果表明，核斑作为一种独特的核体，在基态下与某些染色质区域发生相互作用。关键问题在于这种染色质-核斑关联的基态是如何建立的，以及这一层核组织具有怎样的基因调控作用。我们在此报道，染色质结构因子CTCF和黏连蛋白是DNA与核斑之间实现完全基态关联所必需的。通过耗竭CTCF或耗竭黏连蛋白来破坏基态DNA-核斑接触，对核斑相关基因的基础水平表达影响较小，然而我们展示了其对核斑相关基因刺激依赖性诱导的强烈负面影响。我们在黏连蛋白亚基RAD21中鉴定出一个推定的核斑靶向基序（STM），并证明该STM是染色质-核斑关联所必需的。

与CTCF或RAD21的缺失相反，黏连蛋白释放因子WAPL的耗竭使黏连蛋白在染色质和DNA-斑点接触处稳定化，从而增强了斑点相关基因的诱导性。此外，我们在来源于Cornelia de Lange综合征（CdLS）患者的细胞中观察到染色质-核斑点关联的破坏；CdLS是一种涉及黏连蛋白通路缺陷的先天性神经发育诊断。因此，这揭示了核斑点作为治疗探索途径的可能性。总之，我们的发现揭示了一种建立染色质-斑点关联基础组织状态的机制，可促进基因诱导性，并与人类疾病相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。