亨廷顿病多组学分析揭示神经保护性星形胶质细胞状态（snRNA-Seq）

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE242197

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数据说明

亨廷顿病（HD）是一种无法治愈的神经退行性疾病，其特征为神经元丢失和星形胶质细胞增生。HD的一个标志是纹状体中等棘神经元的选择性神经元易损性，迄今为止，这种选择性易损性的潜在机制尚未完全明确。在此，我们对HD和对照供者的多个脑区的死后脑组织采用了多组学方法，包括单核RNA测序（snRNAseq）、批量RNA测序、脂质组学、CAG重复长度测量以及多重免疫荧光。我们定义了一组由CAG重复长度驱动的基因特征，并发现其富集于星形胶质细胞和小胶质细胞基因中。此外，加权基因共表达网络分析显示HD中星形胶质细胞和小胶质细胞模块的连接性丧失，并识别出与CAG重复长度相关的模块，这进一步牵涉到炎症通路和代谢。我们对HD和对照脑进行了脂质组学分析，并识别出几种与HD分级相关的脂质种类，包括神经酰胺和极长链脂肪酸。

脂质组学与批量转录组学的整合识别出一个与HD分级和HD脂质组学异常相关的共识基因特征，并涉及未折叠蛋白反应通路。由于星形胶质细胞对脑脂质代谢至关重要，并在调节炎症中发挥重要作用，我们重点分析了snRNAseq数据集中的星形胶质细胞病理。我们发现两种主要的星形胶质细胞类型，跨越多个脑区；这两种类型分别对应原浆型星形胶质细胞和纤维样、CD44阳性星形胶质细胞。HD病理以区域特异性方式与这些细胞类型存在差异性关联。一个原浆型星形胶质细胞聚类显示金属硫蛋白基因高表达，其耗竭与尾状核中易损中型棘神经元聚类的耗竭呈正相关。我们证实

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。