外周甲型流感感染对小鼠下丘脑细胞群体的分子影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE226098

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

甲型流感病毒（IAV）感染会引起众所周知的流感症状，包括发热、食欲丧失和过度嗜睡。这些由大脑介导的反应通常在病毒从体内清除后消失，但严重的呼吸道病毒感染可能导致长期的神经系统紊乱，包括嗜睡性脑炎和发作性睡病。这些长期变化背后的机制尚不清楚。下丘脑是病毒挑战期间稳态反应的核心调节器。为了深入了解IAV感染期间的神经元和非神经元分子变化，我们经鼻感染小鼠H1N1病毒，并在不同时间点提取大脑。通过对下丘脑进行单核RNA测序（snRNA-seq），我们在所有识别出的细胞群体中发现了转录效应。snRNA-seq数据显示，感染后3天转录反应最为显著，所有细胞类型中的基因均出现强烈下调。

一般免疫过程主要影响小胶质细胞，即大脑常驻免疫细胞，我们发现表达促炎基因网络的细胞数量增加。此外，我们还发现大多数神经元细胞群体下调其转录图谱，包括参与线粒体能量稳态和胞质蛋白翻译的基因。我们的数据表明，神经元细胞中可能存在一种预防机制，以避免细胞内病毒复制和吞噬细胞的攻击。这与小胶质细胞监测周围环境的活动增强相辅相成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。