JEV感染SH-SY5Y细胞后的全转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE221680

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

嗜神经病毒日本脑炎病毒（JEV）感染的特征是严重的神经元细胞死亡和神经炎症。长链非编码RNA（lncRNA）是多种生物过程中的关键调控因子，包括病毒致病机制。我们利用全转录组测序鉴定出一种在JEV感染神经元细胞后诱导表达的lncRNA——JINR1（JEV诱导的非编码RNA 1）。在JEV感染过程中，转录因子NF-κB触发JINR-1的表达。JINR-1缺失会损害病毒复制，并减少JEV诱导的神经元细胞死亡以及参与内质网应激和神经炎症的基因表达。在机制上，JINR1抑制miR-216-5p的表达，而miR-216-5p可抑制宿主因子GRP78和c-JUN以及病毒基因组。与其作为促病毒宿主因子的作用一致，JINR1与RBM10和NF-κB相互作用，以促进参与内质网应激和神经炎症的基因表达。我们的结果提示JINR-1在促进JEV诱导的细胞死亡和神经炎症中发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。