狼疮小鼠海马组织批量RNA测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE217939

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：采用下一代测序（NGS）技术绘制系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型海马组织的表达谱。方法：使用NucleoSpinRNA从海马总组织中提取总RNA，并利用Illumina TruSeq Sample Preparation试剂盒构建mRNA文库。在Illumina NextSeq500平台上进行单端100bp mRNA测序。使用FastQC软件评估测序质量。收集fastq格式的原始reads，并使用STAR 2.6算法比对到小鼠基因组（mm10版本）。使用HTSeq进行基因定量，并使用edgeR软件包进行差异表达分析。结果：我们定义了鼠狼疮转录组的海马特异性分子特征。结论：通过使用小鼠海马特异性转录组并通过对海马神经发生的表征，我们表明炎症介质通过破坏海马神经发生作为早期事件诱导SLE的神经精神变化。

这些数据强调了脑部炎症在早期疾病发病机制中的作用，并支持使用免疫抑制剂来管理弥漫性神经精神性系统性红斑狼疮（NPSLE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。