单细胞RNA测序揭示饮食诱导肥胖中海马小胶质细胞失调

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE217464

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肥胖在成人和青少年中日益成为全球性关注的问题，同时相关并发症也呈平行上升趋势，其中包括认知障碍。肥胖可诱发脑部炎症并激活小胶质细胞，后者通过异常吞噬突触棘参与认知障碍的发生。局部和全身信号，如炎性细胞因子和代谢产物，可能参与肥胖诱导的小胶质细胞激活。然而，介导肥胖期间小胶质细胞激活的精确机制仍未被完全阐明。在此，我们利用高脂饮食（HFD）诱导肥胖的小鼠模型，该模型再现了人类肥胖特征，并出现海马依赖性认知障碍。我们通过形态学和单细胞转录组分析评估海马小胶质细胞的激活情况，以评价这一异质性、功能多样且动态变化的细胞群体在HFD后1个月和3个月随时间的变化。HFD改变了细胞间通讯，尤其是免疫调节和细胞黏附信号传导，并以时间依赖的方式诱导了内质网中蛋白质加工过程的差异基因表达特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。