多发性硬化脑CD4+和CD8+ TRM细胞转录谱（定位）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE216027

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人脑中存在血管周围的CD8+和CD4+ T细胞，具有组织驻留记忆T（TRM）细胞表型。在多发性硬化症（MS）中，这些细胞与白质（WM）病变相关，与灰质（GM）病变的相关性较小。我们在此研究了脑驻留T细胞的转录和功能谱。在n=11例后续尸检脑供体中，我们从血液中分离了CD8+和CD4+效应记忆T细胞及重新表达CD45RA的效应记忆T细胞，并从胼胝体WM和皮质GM中分离了CD8+和CD4+ CD69+ T细胞。此外，我们从n=3–5例脑供体的皮质下WM、胼胝体WM和延髓WM/GM中，以及从n=6例MS脑供体的配对正常表现WM和GM及WM和GM病变中分选了脑CD69+ T细胞。在所有供体中，WM和GM T细胞绝大多数为CD69+CD103+/-。CD8+和CD4+ CD69+ T细胞的批量RNA测序揭示了TRM细胞特征，表现为SELL（CD62L）、ITGA1（CD49a）和S1PR1等的差异表达。值得注意的是，在MS脑中，病变性和正常表现WM的CD8+和CD4+ CD69+ T细胞之间的基因表达几乎没有差异。

脑TRM细胞中上调的基因包括MS4A1（CD20）和SPP1（骨桥蛋白，OPN）。OPN也由小胶质细胞大量表达，并已被证明能抑制T细胞活性。与活动性MS病灶中OPN增多相一致，我们观察到离体MS病灶来源的CD8+和CD4+ T细胞产生炎性细胞因子IL-2、TNF和IFNγ减少。本研究揭示了非MS和MS死后脑白质和灰质中人脑CD8+和CD4+ TRM细胞的基本特征，报道了OPN是脑驻留免疫细胞的通用产物，并显示MS病灶中TRM细胞的活化状态受到严格控制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。