委内瑞拉马脑炎病毒脑部感染深度空间分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213725

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

委内瑞拉马脑炎病毒（VEEV）可引起发热性疾病，在人类病例中可进展为神经系统疾病并可能导致死亡。针对脑部感染的治疗药物的评估与优化，需要了解宿主对VEEV的应答、感染动态以及病毒在宿主体内进化的可能性。我们假设脑部感染期间的选择性压力可能在时间和空间上存在差异，因此我们研究了感染后7天内小鼠八个脑区中宿主应答动态、病毒转录本水平以及VEEV TC-83的遗传变异。病毒复制在整个脑部持续增加直至感染后5-6天，此后下降，神经元是病毒复制的主要部位。感染后1天观察到低水平的遗传多样性，随后VEEV的遗传多样性和非同义突变（Ns）出现扩展，并在感染后5天达到峰值。促炎反应和免疫细胞浸润与病毒水平相一致，并与感染后5天神经元的实质性损伤以及小胶质细胞和星形胶质细胞活化的增加相关。

Ns突变的流行率和动态变化表明，VEEV在大脑内受到选择压力，而进行性神经炎症可能作为一种选择压力发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。