SARS-CoV与SARS-CoV-2 N蛋白表达细胞系的RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE189706

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SARS-CoV与SARS-CoV-2分别是严重急性呼吸综合征（SARS）和2019冠状病毒病（COVID-19）的病原体，二者为遗传相关的正链RNA病毒，可能引起相似的病理生理过程。尽管宿主在冠状病毒感染后可激活干扰素反应以抑制病毒复制，但SARS-CoV与SARS-CoV-2均进化出抑制干扰素反应的策略。本研究构建了表达SARS-CoV和SARS-CoV-2 N蛋白的细胞系（HEK293T-N和HEK293T-2N），并进行RNA测序分析，结果显示SARS-CoV-2与SARS-CoV的N蛋白均可抑制早期生长反应基因1（EGR1）的表达，从而抑制干扰素反应。此外，EGR1可通过溶酶体依赖性途径降解SARS-CoV和SARS-CoV-2的N蛋白，并抑制SARS-CoV-2的病毒复制。我们的发现揭示了EGR1在宿主针对SARS-CoV和SARS-CoV-2的先天免疫反应中的重要作用，有助于理解人类冠状病毒的致病机制及抗病毒疗法的开发。

此外，我们还证明了两种N蛋白均能上调神经发育相关基因的表达，这可能与COVID-19和SARS患者的神经系统症状有关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。