GSE185172：Tbx2和Tbx3调控耳囊细胞命运进程与内耳发育

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE185172

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

耳囊（OV）形态发生形成内耳器官的过程，是理解单细胞水平细胞命运获取的极佳模型系统。Tbx2和Tbx3（Tbx2/3）编码密切相关的T-box转录因子，在哺乳动物耳囊（OV）中广泛表达。在Pax2-Cre谱系中同时失活这两个基因（Tbx2/3cKO）会导致OV向内耳器官的形态发生失败。为理解这些缺陷的基础，我们在E10.5阶段对Pax2-Cre标记的OV谱系进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），比较对照组与Tbx2/3cKO胚胎。我们鉴定出一个多能群体，称为耳祖细胞，在对照组中定位于OV的前腹侧区域，并以Fgf18、Sox3和Cxcl12的表达为标志。在Tbx2/3cKO胚胎中，耳祖细胞群体增加了三倍，同时这些细胞中的基因表达失调，并且向更分化的前感觉细胞和非感觉细胞状态推进减少。

在Tbx2/3cKO胚胎的后部耳囊中检测到一个异位神经细胞群，这是由于Neurog1和NeuroD1表达增加但成熟度降低所致。由于Tbx2/3cKO胚胎中三种细胞命运均受到影响，我们认为Tbx2/3促进耳囊中多能耳祖细胞向更分化的细胞类型进展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。