小鼠螺旋神经节神经元退变模型基因表达谱

该数据集来自 NCBI GEO(GSE182978),提供小鼠螺旋神经节神经元退变模型的基因表达谱数据,采用高通量测序进行表达谱分析,平台为 GPL17021,物种为 10090(小鼠)

geo
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基因组分类GPL1702110090
GSE182978: Gene expression profiling in a mouse model of spiral ganglion neuron degeneration

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-04

资源简介

小鼠螺旋神经节神经元退变模型基因表达谱

GSE182978 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达谱数据集,围绕小鼠螺旋神经节神经元退变模型展开。该数据集旨在通过高通量测序手段获取与螺旋神经节神经元退变相关的转录信息,用于识别参与这一退变过程的转录本。数据集以 GZIP 压缩的 series matrix 文件形式提供,物种为小鼠(10090),测序平台为 GPL17021,归类于神经系统疾病方向。整体而言,该数据集为研究听觉神经系统中螺旋神经节神经元退变的分子机制提供了表达谱层面的数据基础,适合有相关研究背景的用户下载并开展转录层面的分析。

【数据集背景】

螺旋神经节神经元是听觉通路中的重要组成部分,其退变与多种听觉功能障碍相关。该数据集的研究目标明确指向识别参与螺旋神经节神经元退变的转录本,即从基因表达层面寻找与退变过程相关的分子线索。数据集所属分类为神经系统疾病下的其他类别,说明其关注的是神经系统退行性变化中的一类特定情形。源站标题与数据集英文名一致,均强调这是在小鼠螺旋神经节神经元退变模型中开展的基因表达谱分析。

【数据内容】

该数据集提供的核心内容是基因表达谱数据,采用高通量测序进行表达谱分析。数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE182978_series_matrix.txt.gz,即一个 GZIP 压缩的系列矩阵文件。主题标签中包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL17021 和 10090,分别对应表达谱分析方式、测序平台编号以及小鼠物种编号。数据内容围绕螺旋神经节神经元退变相关的转录本信息组织,具体包含多少样本、多少基因或转录本条目,源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 NCBI GEO,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作者信息记录为 Quan,Wang,发布时间为 Aug 28 202。数据采集所依托的生物学对象为小鼠螺旋神经节神经元退变模型,采集手段为高通量测序表达谱分析,平台为 GPL17021。关于样本采集的具体流程、实验设计细节、测序深度与建库方法等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕螺旋神经节神经元退变机制开展的转录层面研究,例如查找退变过程中表达发生变化的转录本、比较不同条件下的表达谱特征,以及为后续实验验证提供候选分子线索。由于数据归类于神经系统疾病方向,也可用于神经退行性病变相关研究中的表达谱参照。具体可支持的统计比较或分组分析取决于数据文件中的样本组织方式,源站未提供相关说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE182978_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认数据组织方式与编码无误后,再进行批量接入与分析。由于该数据集仅提供一个系列矩阵文件,分析前应明确文件中的行与列分别代表什么信息,并结合平台 GPL17021 的注释信息理解表达值含义。平台注释文件的具体获取方式与内容,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集仅有 1 个文件,且以系列矩阵形式提供,未提供原始测序读段或完整的实验元数据说明。样本数量、分组信息、重复设置、测序质量指标以及数据预处理方法等均未在源站描述中给出,使用前需自行核对文件内容。由于缺少这些细节,基于该数据集的差异表达分析或结论外推需谨慎对待。此外,数据仅针对小鼠螺旋神经节神经元退变模型,向其他物种或其他神经退行性疾病的推广应保持审慎。

【引用与许可】

该数据集的作者记录为 Quan,Wang,发布时间为 Aug 28 202。使用时应按照 NCBI GEO 的通用要求引用数据集编号 GSE182978 及相关作者信息。关于该数据集的具体许可条款、使用限制或版权声明,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE182978

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目的是识别参与螺旋神经节神经元退化的转录本。

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