重型COVID-19患者脑免疫反应图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE164485

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）感染引起的2019冠状病毒病（COVID-19）已在许多个体中与神经及神经精神疾病相关联。我们试图进一步加深对急性COVID-19病例中脑嗜性、神经炎症与宿主免疫反应之间关系的理解。本研究检查了5例重症COVID-19患者和4例对照者的3个脑区（背外侧前额叶皮层、延髓和脉络丛）。通过针对病毒刺突蛋白的蛋白质印迹法以及覆盖>99% SARS-CoV-2基因组和所有潜在血清型的病毒转录组分析来评估病毒的存在。在同一批样本中进行了基于液滴的单核RNA测序（snRNA-seq），以考察COVID-19对大脑单个细胞转录的影响。病毒刺突S1蛋白和病毒转录本的定量未能在死后脑组织中检测到SARS-CoV-2。

然而，对来自大脑三个不同区域的68,557个单核转录组的分析发现，COVID-19患者脉络丛中基质细胞、单核细胞和巨噬细胞的比例增加。此外，差异基因表达、伪时间轨迹和基因调控网络分析揭示了皮质小胶质细胞的转录变化，这些变化与一系列生物过程相关，包括细胞活化、移动性和吞噬作用。尽管在死亡时大脑中未检测到SARS-CoV-2，但这些发现表明急性COVID-19患者存在显著且持续的神经炎症。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。