对照与Chd7缺陷螺旋神经节神经元及耳蜗毛细胞转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163798

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目的是通过RNA-seq鉴定螺旋神经节神经元和耳蜗毛细胞中Chd7的基因靶点。研究采用Illumina HiSeq 4000平台，以配对末端测序方式，对来自4日龄小鼠的FACS分选螺旋神经节神经元以及来自胚胎16.5天的耳蜗毛细胞进行mRNA图谱分析，实验组包括对照组、Chd7杂合突变体和Chd7纯合突变体动物，每组设三个重复。通过质量过滤的序列读段使用HiSAT2（版本2.1.0）在Galaxy（版本2.1.0）中以默认参数比对到小鼠MM10基因组组装。为便于定量基因表达分析，使用featureCounts（版本1.6.4）对每个样本的比对读段进行计数。差异基因表达分析使用DESeq2（版本2.11.40.6）进行，采用参数拟合。qRT–PCR验证使用SYBR Green和基因特异性引物进行。为鉴定差异表达基因，分析中剔除了在E16.5毛细胞或P4螺旋神经节神经元中通常不表达的基因的RPKM值。最终，毛细胞中表达的基因获得6910个转录本，神经元中表达的基因获得11293个基因。

进行了对照组与纯合子之间以及对照组与杂合子之间的成对比较。对于转录本，认为调整后的p值（FDR）≤0.05且线性倍数变化在任一方向上大于2时具有显著阈值。所选基因的表达改变通过qRT–PCR以及免疫组织化学检测编码蛋白进行了确认。差异表达基因分析揭示了新的靶点以及Chd7在正常听力期间控制这些细胞存活的潜在机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。