单细胞分辨率下发育中小鼠冠状缝数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163693

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

缝将颅骨的扁骨分隔开，并使大脑与覆盖其上的颅盖能够协调生长。为揭示颅缝内的细胞多样性，我们对胚胎期小鼠冠状缝进行了单细胞转录组学和组织学分析。我们确定Erg和Pthlh是颅缝内成骨祖细胞的早期标志物，并发现骨前沿与骨膜之间存在不同的前成骨细胞特征。冠状缝处存在多种间充质层，包括颅缝下方的多个不同脑膜层，以及颅缝上方的韧带层、颅外膜层和皮下层。在颅缝上方的颅外膜层中，我们观察到一个跨越额骨和顶骨的韧带样细胞群体，其表达与机械感觉相关的基因。

冠状缝内及周围的间充质在额骨与顶骨之间呈不对称分布，我们识别出从骨前沿延伸至更成熟骨内的成骨细胞的不同状态，以及缝合处干细胞的潜在特征。在脑膜层中，我们检测到一种潜在的软骨生成性骨膜硬脑膜细胞群，其可能参与闭合缝合的软骨内成骨过程。颅缝早闭相关突变基因的表达散布于多种细胞类型中，提示稳态可能在多个环节失效。该单细胞图谱为理解冠状缝——颅缝早闭中最常发生融合的缝合——的发育提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。