多发性硬化中CD4+、CD8+ T细胞与CD14+单核细胞的细胞类型特异性转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE137143

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多发性硬化症（MS）是一种中枢神经系统的自身免疫性疾病，其发病被认为涉及遗传和环境因素。全基因组关联研究揭示了200多个风险位点，其中大多数位点包含主要在免疫细胞中表达的基因。然而，遗传差异是否转化为细胞特异性基因表达谱，以及这些在MS中改变的程度，目前尚不完全清楚。为了评估大量MS患者队列中的细胞类型特异性基因表达，我们对未经治疗的MS患者（n=122）和健康受试者（n=22）分选的T细胞（CD4+和CD8+）及CD14+单核细胞进行了全转录组测序。接下来，我们对RNA测序数据集进行了全面分析，并在CD14+单核细胞中鉴定出612个差异表达基因（DEGs），CD4+ T细胞中464个，CD8+ T细胞中93个。值得注意的是，约三分之一（36.6%）的DEGs是非编码RNA，其中大多数（88.2%）在MS中下调。我们在每个细胞亚群中鉴定出大型共表达基因模块和与关键MS基因相关的顺式eQTLs。

重要的是，我们发现CD4+ T细胞中NAE1的失调，NAE1是NEDD8激活酶（NAE）的一个亚基，它能激活类泛素化途径。最后，我们证明了使用Pevonedistat（MLN4924）抑制NAE能够减轻小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的疾病严重程度。我们的发现为多发性硬化症相关的基因调控提供了新的见解，揭示了类泛素化在多发性硬化症发病机制中的关键作用，并为开发定制化的疾病修正药物提供了启示。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。