皮质类固醇诱导的FKBP5基因染色质环动态数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136034

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

FKBP5是一个受糖皮质激素诱导的长基因，与精神疾病相关。为探究FKBP5拓扑关联结构域（TAD）内染色质相互作用频率的复杂性，我们在基因启动子、增强子、内含子及CTCF环锚点附近部署了十五个一对全染色质捕获视角。这揭示了一个涵盖FKBP5启动子及其增强子的“一TAD一基因”结构。FKBP5启动子及其两个糖皮质激素刺激增强子在整TAD内游走，同时展现出细微的细胞类型特异性相互作用组。FKBP5 TAD由两个嵌套的CTCF环组成，这两个环由一个位于FKBP5多腺苷酸化位点之外的CTCF位点和另一个位于其第8内含子中、相距61 kb的CTCF位点协调。环的延伸与通过内含子CTCF位点的转录增加相关。这一过程得到有效补偿，因为即使在高转录状态下，短环也能恢复。FKBP5 TAD的边界由发散的CTCF位点构成，包含多个较小基因，并对糖皮质激素刺激具有韧性。有趣的是，FKBP5 TAD的两个边界均含有H3K27me3标记的异染色质块，可能增强了边界的作用。

我们认为，导致FKBP5表达变异的顺式作用遗传与表观遗传多态性可能位于一个240 kb的区域，该区域由FKBP5 TAD、其左侧亚TAD及其两个边界组成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。