GSE128165：Prion样结构域的突变景观

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE128165

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

特定的不溶性蛋白聚集体是许多神经退行性疾病的标志。例如，在97%的肌萎缩侧索硬化症（ALS）病例中可观察到RNA结合蛋白TDP-43的细胞质聚集体。然而，对于许多此类疾病而言，蛋白聚集体本身还是蛋白质的其他形式对细胞具有毒性，仍是一个悬而未决的问题。在此，我们通过系统性地突变TDP-43蛋白并量化其对细胞毒性的影响来探讨这一问题。在一个包含超过50,000个位于内在无序朊病毒样结构域（PRD）突变的数据库中，疏水性和聚集潜力的变化对毒性变化具有高度预测性。然而令人惊讶的是，疏水性增加和细胞质聚集反而降低了毒性。突变在PRD的中央区域效应最强，其中增加毒性的变异促进形成更具动态性的液态样凝聚物。此外，双突变体中的遗传相互作用表明，该区域形成了特定的二级结构，并在体内对聚集和毒性产生可检测的影响。

我们的结果表明，深度突变生成是探究内在无序蛋白质序列-功能关系及其体内结构构象的有力方法。此外，研究还揭示TDP-43的聚集并不具有毒性，反而保护细胞，很可能是通过将蛋白质从有毒的液态相中滴定出来实现的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。