GSE126557：CREB通过不同机制介导对cAMP的瞬时与持续基因组响应（RNA-seq）
我们研究了CREB、CREB共激活因子、谱系决定转录因子和组蛋白乙酰化的全基因组占据，以揭示胰腺胰岛中cAMP诱导组织特异性基因表达的机制
![GSE126557: CREB mediates transient and sustained genomic responses to cAMP via distinct mechanisms [RNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/221618.jpg)
基本信息
资源简介
GSE126557：CREB通过不同机制介导对cAMP的瞬时与持续基因组响应（RNA-seq）
GSE126557 是一项围绕 CREB 介导的 cAMP 基因组应答机制展开的 RNA-seq 数据集，属于神经系统疾病及其他相关分类，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。该研究关注胰腺胰岛中 cAMP 诱导组织特异性基因表达的调控机制，通过考察 CREB、CREB 共激活因子、谱系决定转录因子以及组蛋白乙酰化的全基因组占据情况，揭示 CREB 对核心靶基因的短暂诱导与对胰腺 β 细胞特异基因的持续诱导之间的机制差异。数据集以 RNA-seq 为主要技术手段，为理解转录因子如何借助启动子近端结合位点与远端增强子实现差异化转录调控提供了转录组层面的数据支撑。
【数据集背景】
cAMP 是细胞内重要的信号分子，其对手细胞基因表达的影响主要由转录因子 CREB 介导。既往认识中，多数核心 CREB 靶基因在 CREB 及其共激活因子被招募至启动子近端结合位点后被普遍诱导。然而，组织特异性基因如何响应 cAMP 信号、其调控是否与核心靶基因一致，仍需要系统研究。该数据集对应的研究正是在这一背景下，以胰腺胰岛为模型，考察 CREB 及相关因子在基因组上的占据特征，以阐明组织特异性基因诱导的机制基础。
【数据内容】
该数据集为 RNA-seq 数据，属于神经系统疾病/其他分类。研究内容涵盖 CREB、CREB 共激活因子、谱系决定转录因子和组蛋白乙酰化的全基因组占据分析，并在此基础上结合转录组测量，比较 CREB 对核心靶基因与胰腺 β 细胞特异基因的不同调控模式。研究观察到 CREB 通过结合远端增强子内的位点刺激胰腺 β 细胞基因表达，并且与对核心靶基因的短暂效应不同，其对 β 细胞特异基因的刺激是持续性的，这一持续性反映了 CBP 介导的驻留核小体乙酰化增加，进而招募染色质阅读器 BRD4。此外，CREB 与谱系特异性激活因子 Neurod1 协同建立 cAMP 响应性增强子。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI，源站编号为 GSE126557，英文标题为“CREB mediates transient and sustained genomic responses to cAMP via distinct mechanisms [RNA-seq]”。数据产生自对胰腺胰岛中 CREB 及相关因子基因组占据与基因表达的系统研究。除上述来源信息外，样本的具体数量、物种、测序平台、建库策略等细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 cAMP-CREB 信号通路对基因表达的调控机制，尤其是区分短暂应答与持续应答的转录调控差异；适用于探讨远端增强子、启动子近端结合位点、共激活因子 CBP、染色质阅读器 BRD4 以及谱系决定转录因子 Neurod1 在组织特异性基因诱导中的作用；也可用于胰腺胰岛生物学、β 细胞基因表达调控以及染色质乙酰化与转录偶联等方向的分析。其分类归属为神经系统疾病/其他，相关疾病背景下的应用需结合具体研究设计判断。
【使用方法】
该数据集为 RNA-seq 数据，可用于转录表达层面的差异分析与通路层面的解读，并可与研究中报道的 CREB、共激活因子、谱系决定转录因子及组蛋白乙酰化全基因组占据信息联合考察，以比较核心靶基因与 β 细胞特异基因在应答时序上的差异。具体的分析流程、标准化方法、对照设置与统计方案源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 NCBI 来源发布，研究结论涉及 CREB 经远端增强子调控 β 细胞基因、CBP 介导的核小体乙酰化与 BRD4 招募以及 Neurod1 协同作用等机制。样本规模、测序深度、重复数、批次信息及质控指标源站未提供，使用时应结合原始记录评估数据适用性。数据仅覆盖 RNA-seq 层面，机制推断需与占据图谱等其他证据配合。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI，编号 GSE126557。具体的文献引用信息、作者列表与数据使用许可条款源站未提供。
下载信息
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数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE126557
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们研究了胰腺胰岛中CREB、CREB共激活因子、谱系决定转录因子及组蛋白乙酰化的全基因组占据情况，以揭示cAMP诱导组织特异性基因表达背后的机制。CREB介导cAMP对细胞基因表达的影响。大多数核心CREB靶基因在CREB及其共激活因子被招募至启动子近端结合位点后被普遍诱导。我们发现，CREB通过结合远端增强子内的位点来刺激胰腺β细胞基因的表达。与其对核心靶基因的短暂效应不同，CREB以持续方式刺激胰腺β细胞特异性基因表达，这反映了CBP介导的驻留核小体乙酰化增加，进而招募染色质阅读器BRD4。CREB与谱系特异性激活因子Neurod1协同作用，在β细胞中建立cAMP响应性增强子。
由于Lrrc10b-Syt7超级增强子位点内一个由CREB-Neurod1结合的增强子缺失，破坏了这两个基因的表达并降低了葡萄糖诱导的胰岛素分泌，我们的结果证明了信号依赖因子与谱系决定因子之间的协同作用如何促进细胞类型特异性基因程序响应细胞外信号而表达。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
