GSE100855：人细胞系中XPA破坏的转录后果

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE100855

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

目的：哺乳动物细胞的核苷酸切除修复（NER）需要着色性干皮病A组蛋白（XPA）作为核心因子。值得注意的是，通过染色质免疫沉淀技术已在一些活跃启动子上检测到XPA及其他NER蛋白，且据报道NER缺陷会影响特定基因的激活转录。然而，XPA对人类细胞转录的全局影响尚未明确。方法：我们通过RNA测序（RNA-Seq）分析人类转录组，研究了四对遗传背景匹配的XPA缺陷或正常的细胞系。结果：在每株细胞系转录的约14,000个基因中，有325个基因（2%）表现出显著的XPA依赖性基因表达方向性变化，这一变化在四对细胞系中均一致（错误发现率为0.05）。这些基因富集于线粒体维护相关通路。仅27个基因的表达差异超过1.5倍。最显著的差异基因为参与类固醇激素代谢的AKR1C1和AKR1C2。在所有永生化XPA缺陷细胞中，AKR1C2蛋白水平较低。

维甲酸处理导致部分具有转录相关功能的基因出现适度的XPA依赖性激活。结论：我们认为XPA状态并不全局性影响人类基因转录。然而，XPA显著影响一小部分对线粒体功能和类固醇激素代谢重要基因的表达。这些结果可能有助于解释着色性干皮病患者的神经功能缺陷和生育障碍。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。