E16.5小鼠胚胎脑野生型与敲除条件的表达数据
该数据集来自 omicsdi.org，收录 E16.5 小鼠胚胎脑在野生型与 Tdp2Delta1-3 敲除条件下的表达数据，包含 3 个野生型和 3 个 Tdp2Delta1-3 个体
基本信息
资源简介
E16.5小鼠胚胎脑野生型与敲除条件的表达数据
该数据集收录了 E16.5 小鼠胚胎脑在野生型与 Tdp2Delta1-3 敲除条件下的表达数据，来源于 omicsdi.org，主题标签为 Transcriptomics，本站分类归入神经系统疾病 / 其他。数据集中包含 3 个野生型个体和 3 个 Tdp2Delta1-3 个体的胚胎脑样本，研究者通过解剖小鼠 16.5 天胚胎脑组织获取表达信息，并据此得到 165 个因 Tdp2 缺失而发生差异表达的基因。该数据集可用于观察 Tdp2 缺失对小鼠胚胎脑转录组的影响，并为相关神经系统疾病研究提供转录组层面的参考。
【数据集背景】
该数据集关注小鼠胚胎脑发育过程中 Tdp2 基因缺失所引发的表达变化。研究使用 E16.5 小鼠胚胎脑作为实验材料，比较野生型与 Tdp2Delta1-3 个体之间的基因表达差异。Tdp2 缺失条件下，研究者希望识别出受其影响的差异表达基因，从而为理解 Tdp2 在胚胎脑发育中的功能提供线索。数据集的主题标签为 Transcriptomics，说明其核心内容属于转录组学范畴。本站将其分类为神经系统疾病 / 其他，表明该数据可能与神经系统疾病研究存在关联，但具体疾病关联机制源站未提供。
【数据内容】
该数据集包含来自解剖小鼠 16.5 天胚胎脑的表达数据，实验组包括 3 个野生型个体和 3 个 Tdp2Delta1-3 个体。基于这些数据，研究者获得了 165 个因 Tdp2 缺失而差异表达的基因。数据来自三对独立的野生型与 TDP2D1-3 脑样本。表达数据经过 RMA（Robust Multi-Array Average）归一化处理，差异表达基因的判定标准为在 Tdp2+/+ 与 Tdp2Delta1-3 之间变化达到 1.5 倍，且校正 p 值截止值为 0.05。除上述信息外，源站未提供更详细的基因列表、表达矩阵或样本元数据。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。样本采集方式为解剖小鼠 16.5 天胚胎脑，分别来自野生型和 Tdp2Delta1-3 个体。实验设计包含 3 个野生型个体和 3 个 Tdp2Delta1-3 个体，且数据来自三对独立的野生型与 TDP2D1-3 脑样本。关于具体测序平台、芯片型号、实验地点、采集时间、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关分析，尤其是研究 Tdp2 缺失对小鼠胚胎脑基因表达影响的场景。由于数据涉及 E16.5 小鼠胚胎脑以及野生型与 Tdp2Delta1-3 的比较，可用于差异表达分析、基因功能注释、通路富集分析等下游研究。本站分类为神经系统疾病 / 其他，因此也可能为神经系统疾病相关研究提供参考。但该数据集是否适用于其他物种、其他发育阶段或其他组织，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，可基于 RMA 归一化后的表达数据进行差异表达分析。源站描述中给出的差异表达判定条件为：基因在 Tdp2+/+ 与 Tdp2Delta1-3 之间变化达到 1.5 倍，且校正 p 值小于或等于 0.05。研究者可据此条件筛选差异表达基因，并结合 165 个差异表达基因的结果进行后续分析。关于数据下载方式、文件格式、预处理代码、分析工具等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集使用 3 个野生型个体和 3 个 Tdp2Delta1-3 个体，样本量较小。数据经过 RMA 归一化，并采用 1.5 倍变化和校正 p 值 0.05 作为差异表达筛选标准。由于源站未提供原始数据质量评估、批次效应信息、样本具体背景、实验重复的详细说明等，使用时应谨慎解释结果。此外，该数据集仅涉及 E16.5 小鼠胚胎脑，结论是否可推广到其他发育阶段或其他组织，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或相关文献信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-54628
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本数据集中，我们纳入了通过解剖小鼠16.5天胚胎大脑所获得的表达数据，使用了3个野生型个体和3个Tdp2Delta1-3个体。这些数据用于筛选出因Tdp2缺失而导致差异表达的165个基因。数据（来自三对独立的野生型和TDP2D1-3大脑）采用RMA（稳健多阵列平均）方法进行标准化，并选取在Tdp2+/+与Tdp2Delta1-3之间变化达1.5倍的基因（校正p值截止值：0.05）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
