成年大鼠不同皮层区域单核染色质可及性图谱数据
该数据来自成年Sprague–Dawley大鼠四个解剖脑区的snATAC-seq实验，共包含59,023个单细胞核，鉴定出16种细胞类型
基本信息
资源简介
成年大鼠不同皮层区域单核染色质可及性图谱数据
Data_Sheet_1_Single-Nucleus Chromatin Accessibility Landscape Reveals Diversity in Regulatory Regions Across Distinct Adult Rat Cortex.ZIP
该数据来自成年Sprague–Dawley大鼠四个解剖脑区的snATAC-seq实验，共包含59,023个单细胞核，鉴定出16种细胞类型。数据覆盖不同皮层区域在细胞组成和基因调控区域上的多样性，并涉及SPI1、KLF4、KLF6、NEUROD2等细胞类型特异性转录因子。该数据可用于研究大鼠脑区细胞命运决定因子及其调控机制，支持神经系统疾病相关的基础与转化研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility》发表于 Cell（2018），DOI：10.1016/j.cell.2018.06.052。源站首次发布：2021-05-17。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：大鼠已被广泛用作心理学、药理学和行为学研究中的实验生物，通过模拟人类疾病（如神经系统疾病）开展研究。在单细胞分辨率上鉴定和表征大鼠脑各区域的细胞命运决定因子及其调控机制至关重要。在此，我们应用基于液滴的单核转座酶可及性染色质测序（snATAC-seq）技术，系统分析了成年Sprague–Dawley（SD）大鼠四个解剖脑区的单细胞染色质可及性，共获得59,023个单细胞核，并鉴定出16种不同的细胞类型。有趣的是，我们发现不同皮层区域在细胞组成和基因调控区域上均表现出多样性。若干细胞类型特异性转录因子（TFs），包括SPI1、KLF4、KLF6和NEUROD2，已被证明
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 1.57 MB。数据集 DOI：10.3389/fnmol.2021.651355.s001。
【主题与分类】
源站学科分类：Molecular Medicine、Central Nervous System、Molecular Biology、Neuroscience、Molecular Evolution、Structural Biology。主题标签：rat cerebral cortex、chromatin accessibility、snATAC-seq、regulatory element、transcription factor。本站分类：神经系统疾病/其他。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Molecular Medicine、Central Nervous System、Molecular Biology、Neuroscience、Molecular Evolution、Structural Biology。
【获取与许可】
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Data_Sheet_1_Single-Nucleus_Chromatin_Accessibility_Landscape_Reveals_Diversity_in_Regulatory_Regions_Across_Distinct_Adult_Rat_Cortex_ZIP/14604948
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Yu, Yeya; Wei, Xiaoyu; Deng, Qiuting; Lan, Qing; Guo, Yiping; Han, Lei; et al. (2021). Data_Sheet_1_Single-Nucleus Chromatin Accessibility Landscape Reveals Diversity in Regulatory Regions Across Distinct Adult Rat Cortex.ZIP. Frontiers. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Data_Sheet_1_Single-Nucleus Chromatin Accessibility Landscape Reveals Diversity in Regulatory Regions Across Distinct Adult Rat Cortex.ZIP
- DOI：10.3389/fnmol.2021.651355.s001
- 发布日期：2021-05-17
- 文件数：1 个
- 文件总体积：1.57 MB
- 源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Data_Sheet_1_Single-Nucleus_Chromatin_Accessibility_Landscape_Reveals_Diversity_in_Regulatory_Regions_Across_Distinct_Adult_Rat_Cortex_ZIP/14604948
命令行下载
curl -L -o "Data_Sheet_1_Single-Nucleus Chromatin Accessibility Landscape Reveals Diversity in Regulatory Regions Across Distinct Adult Rat Cortex.ZIP" "https://ndownloader.figshare.com/files/28038039"
文件清单
Data_Sheet_1_Single-Nucleus Chromatin Accessibility Landscape Reveals Diversity in Regulatory Regions Across Distinct Adult Rat Cortex.ZIP（1.57 MB）
文件总体积 1.57 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
大鼠已被广泛用作心理学、药理学和行为学研究中的实验生物，通过构建神经障碍等人类疾病的模型开展研究。在单细胞分辨率下鉴定和表征大鼠各脑区的细胞命运决定因子及其调控机制至关重要。本研究采用基于液滴的单核转座酶可及性染色质测序技术（snATAC-seq），对成年Sprague–Dawley（SD）大鼠四个解剖脑区进行系统性的单细胞染色质可及性分析，共获得59,023个单细胞核，并鉴定出16种不同的细胞类型。有趣的是，我们发现不同皮层区域在细胞组成和基因调控区域上均表现出多样性。若干细胞类型特异性转录因子（TFs），包括SPI1、KLF4、KLF6和NEUROD2，已被证明在多种神经系统疾病的发病机制中发挥重要作用，如阿尔茨海默病（AD）、星形细胞胶质瘤、自闭症谱系障碍（ASD）和智力障碍。
因此，我们的大鼠皮层单核图谱可作为一项宝贵资源，用于剖析多种皮层细胞命运背后的调控机制，并进一步揭示神经发病机制的调控网络。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.3389/fnmol.2021.651355.s001（source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Data_Sheet_1_Single-Nucleus_Chromatin_Accessibility_Landscape_Reveals_Diversity_in_Regulatory_Regions_Across_Distinct_Adult_Rat_Cortex_ZIP/14604948）。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
