神经性糖尿病足溃疡微生物组与临床因素关联数据
不愈合的糖尿病足溃疡（DFUs）是糖尿病常见且代价高昂的并发症。微生物负荷，即“生物负荷”，被认为是不愈合的潜在原因，尽管对于可能影响微生物载量、多样性和/或致病性的临床因素知之甚少
基本信息
资源简介
神经性糖尿病足溃疡微生物组与临床因素关联数据
不愈合的糖尿病足溃疡是糖尿病常见且代价高昂的并发症，微生物负荷被认为是不愈合的潜在原因，但人们对可能影响微生物载量、多样性和致病性的临床因素了解甚少。该数据集来自一项针对无临床感染证据的神经性非缺血性糖尿病足溃疡微生物组研究，采用高通量测序方法对细菌16S核糖体RNA基因进行剖析，共纳入52名个体。研究显示，与临床标准诊断方法伤口培养相比，培养法在微生物负荷、微生物多样性和潜在病原体存在方面均存在明显低估。数据集英文名为“Data from: The neuropathic diabetic foot ulcer microbiome is associated with clinical factors.”，由Dryad机构于2014年发布，采用Creative Commons Zero v1.0 Universal许可。
【数据集背景】
糖尿病足溃疡是糖尿病常见且代价高昂的并发症，其中不愈合的溃疡给临床管理带来持续挑战。微生物负荷，即“生物负荷”，被认为是不愈合的潜在原因，然而对于可能影响微生物载量、多样性和/或致病性的临床因素，此前的认识相当有限。该数据集所对应的研究聚焦于无临床感染证据的神经性非缺血性糖尿病足溃疡，试图通过高通量测序手段刻画其微生物组特征，并考察其与临床因素之间的关联。研究背景强调，临床常规使用的伤口培养在反映微生物真实状况方面存在不足，因此需要更精细的分子层面微生物组剖析。
【数据内容】
该数据集来源于对52名个体的神经性非缺血性糖尿病足溃疡微生物组进行的高通量测序分析，测序靶标为细菌16S核糖体RNA基因。研究将测序结果与常规伤口培养进行比较，发现伤口培养作为临床标准诊断，在微生物负荷、微生物多样性和潜在病原体存在方面均存在大幅低估。糖尿病足溃疡微生物组表现出异质性，即便在严格限制的研究人群中也是如此，但可划分为三个簇，主要依据优势细菌和多样性进行区分。溃疡深度与溃疡簇相关，并呈正相关。源站描述在此处截断，未提供后续完整内容。
【采集与来源】
该数据集的来源站为doi.org，发布机构为Dryad，发布时间为2014年。作者包括Gardner, Sue E.、Hillis, Stephen L.、Heilmann, Kris、Segre, Julia A.和Grice, Elizabeth A.。研究样本来自52名个体的神经性非缺血性糖尿病足溃疡，且这些溃疡无临床感染证据。测序方法为细菌16S核糖体RNA基因的高通量测序。关于样本采集的具体地点、时间跨度、伦理审批信息以及测序平台等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究糖尿病足溃疡微生物组特征、探讨微生物负荷与临床因素之间关系、比较分子测序方法与常规伤口培养在微生物检测中的差异等方向。由于研究聚焦于无临床感染证据的神经性非缺血性糖尿病足溃疡，其数据可用于分析此类特定人群的微生物组异质性、群落分簇及其与溃疡深度等临床指标的关联。此外，也可为理解生物负荷在不愈合过程中的潜在作用提供数据基础。关于该数据集在其他疾病领域或更广泛临床场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以Creative Commons Zero v1.0 Universal许可发布，属于公共领域贡献，使用者在遵守该许可条款的前提下可自由使用。数据集的具体文件结构、格式、字段说明以及配套分析代码等信息，源站未提供。使用者如需复现研究中的微生物组分析，包括16S核糖体RNA基因序列处理、多样性计算、聚类分析及与临床因素的关联分析，需自行参考原研究的方法学描述。关于数据下载方式、文件命名规则及推荐分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该研究的一个关键发现是，常规伤口培养在微生物负荷、微生物多样性和潜在病原体存在方面均大幅低估，提示基于培养的临床诊断可能不足以全面反映糖尿病足溃疡的微生物组状况。研究人群经过严格限制，为无临床感染证据的神经性非缺血性糖尿病足溃疡患者，共52名个体，即便如此，微生物组仍表现出异质性，并可划分为三个簇。溃疡深度与溃疡簇相关，并呈正相关。源站描述在此处截断，关于该数据集的样本量代表性、测序深度、批次效应、临床随访完整性等质量相关细节，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的英文名称为“Data from: The neuropathic diabetic foot ulcer microbiome is associated with clinical factors.”，作者为Gardner, Sue E.、Hillis, Stephen L.、Heilmann, Kris、Segre, Julia A.和Grice, Elizabeth A.，发布机构为Dryad，发布时间为2014年，来源站为doi.org。许可方式为Creative Commons Zero v1.0 Universal。使用该数据集时，应按照学术规范引用上述作者与数据集名称，并遵守CC0 1.0 Universal许可条款。关于具体的引用格式、DOI标识及源站要求的其他引用信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5061/dryad.042vn
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 121.7 MB。
数据说明
不愈合的糖尿病足溃疡(DFUs)是糖尿病常见且代价高昂的并发症。尽管微生物负荷或“生物负载”被认为是延迟愈合的基础，但对其可能影响微生物载量、多样性及/或致病性的临床因素知之甚少。我们采用高通量测序技术，对52名无临床感染证据的神经性非缺血性DFUs患者的细菌16S核糖体RNA基因进行了微生物组分析。相比之下，临床上作为标准诊断的伤口培养，极大地低估了微生物载量、微生物多样性以及潜在病原体的存在。即使在我们严格限定的研究人群中，DFU微生物组也呈现出异质性，但主要根据优势细菌和多样性分为三个集群。溃疡深度与溃疡集群相关，与厌氧菌丰度呈正相关，与葡萄球菌丰度呈负相关。溃疡持续时间与细菌多样性、物种丰富度及变形菌门的相对丰度呈正相关，但与葡萄球菌的相对丰度呈负相关。
最后，血糖控制不佳与溃疡聚类相关，最差的中位血糖控制集中在富含葡萄球菌和富含链球菌的溃疡聚类中。微生物群落成员和结构的分析可能为前瞻性研究提供最有用的指标，以区分有害的生物负荷与良性定植，进而指导临床治疗。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
