皮质星形胶质细胞全蛋白质组赖氨酸乙酰化及弓形虫感染改变数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.gb291

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 4.81 GB。

数据说明

赖氨酸乙酰化是一种可逆的翻译后修饰（PTM），已在几乎所有细胞区室中的数千种蛋白质上检测到。这种广泛存在的PTM的作用尚未完全阐明，但可影响蛋白质定位、相互作用、活性及稳定性。在此，我们首次对皮层星形胶质细胞中的赖氨酸乙酰化进行了全蛋白质组调查。星形胶质细胞是胶质细胞的一种亚型，是血脑屏障的组成部分，也是神经元功能和可塑性的关键调节因子。我们在304种蛋白质中鉴定出529个赖氨酸乙酰化位点，这些蛋白质分布于多个细胞区室，主要功能涉及RNA加工/转录、代谢、染色质生物学和翻译。我们鉴定出的186种蛋白质上的277个乙酰化赖氨酸位点此前未在任何其他细胞类型中报道过。我们还绘制了感染脑寄生虫刚地弓形虫的星形胶质细胞的乙酰化组图谱。已有研究表明，刚地弓形虫感染可调节宿主细胞基因表达，包括若干赖氨酸乙酰转移酶（KAT）和去乙酰化酶（KDAC）基因，提示宿主乙酰化组在感染过程中也可能发生改变。

在感染弓形虫的星形胶质细胞中，我们鉴定出34种蛋白质的乙酰化水平相对于未感染星形胶质细胞高出2倍以上，另有24种蛋白质的乙酰化水平低于2倍。我们的研究记录了皮层星形胶质细胞的第一个乙酰化组图谱，揭示了新的赖氨酸乙酰化位点，并证明弓形虫感染会导致乙酰化组发生改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。