E-GEOD-1590 INS-1大鼠胰岛素瘤细胞转录因子靶基因表达谱数据集
包含大鼠胰岛素瘤INS-1细胞在诱导表达HNF1b及突变体条件下的基因表达芯片数据，可用于转录因子靶基因识别。由Ludger Klein-Hitpass提供，来自ArrayExpress，数据格式为表格，适用于分类任务。
基本信息
资源简介
E-GEOD-1590 INS-1大鼠胰岛素瘤细胞转录因子靶基因表达谱数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Transcription profiling of rat insulinoma line INS-1 to identify targets of HNF1b mutants in INS-1》。
【数据内容】
源站原始描述：A rat insulinoma cell line (INS-1) was generated that contains a FRT site for FLP recombinase mediated site specific integration of specific genes. In addition, the line contains the tetracycline repressor allowing tetracycline (tet) induction of the introduced gene. By comparing the gene expression profiles of uninduced and tet-induced cells, target genes of introduced transcription factors HNF1b and HNF1b mutants were identified. Two different clones containing the same transcription factor we…
【主题与分类】
主题标签：transcription profiling by array、Rattus norvegicus。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-1590
下载信息
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数据集获取
源站：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-1590
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
包含大鼠胰岛素瘤INS-1细胞在诱导表达HNF1b及突变体条件下的基因表达芯片数据，可用于转录因子靶基因识别。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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