猕猴SMA与M1的钙成像数据集

该数据集属于神经系统疾病 / 其他分类,主题涵盖钙成像,并以 NWB 标准组织神经生理学数据,属于 BRAIN Initiative 相关公开数据资源

dandi
2024-08-14 更新
浏览 9
医学影像钙成像猕猴SMAM1神经生理NWBDANDI
Calcium imaging in SMA and M1 of macaques

基本信息

模态
医学影像
创建/更新时间
2024-08-14
版本
0.250331.2218

资源简介

猕猴SMA与M1的钙成像数据集

本数据集英文名为 Calcium imaging in SMA and M1 of macaques,来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive 中的 dandiset 001174。该数据集属于神经系统疾病 / 其他分类,主题涵盖钙成像,并以 NWB 标准组织神经生理学数据,属于 BRAIN Initiative 相关公开数据资源。数据集联系人信息为 Galvan, Adriana。整体来看,该数据集面向神经系统疾病研究场景,提供猕猴脑区钙成像相关数据,适合用于神经科学、神经生理学以及神经系统疾病机制探索等方向。由于数据以 NWB 标准发布,具备较好的结构化与可交换性,便于研究者进行数据读取、分析、复用和跨平台共享。以下将从数据集背景、数据内容、采集与来源、适用场景、使用方法、质量与限制、引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

该数据集名为 Calcium imaging in SMA and M1 of macaques,属于神经系统疾病 / 其他分类,来源站为 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001174。DANDI Archive 是面向神经生理学数据的公开归档平台,该数据集以 NWB 标准发布,并标注为 BRAIN Initiative 相关神经生理学数据集。其主题涵盖钙成像,研究对象为猕猴,涉及 SMA 和 M1 两个脑区。联系人信息为 Galvan, Adriana。数据集整体定位为神经系统疾病领域的公开数据资源,旨在为相关研究提供可获取、可复用的神经活动记录数据。关于该数据集更具体的项目背景、资助信息、实验设计动机以及所属研究计划细节,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容为猕猴 SMA 和 M1 区域的钙成像数据。数据以 NWB 标准进行组织,属于神经生理学数据范畴。主题涵盖钙成像,分类为神经系统疾病 / 其他。由于数据采用 NWB 标准,通常可用于记录和描述神经生理学实验中的相关信号、时间序列及元数据信息。关于具体包含的会话数量、动物个体数量、细胞数量、记录时长、采样率、视野范围、标注信息、行为任务类型以及是否包含附加行为或电生理数据,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001174。来源站描述其为 NWB-standard neurophysiology dataset,并标注为 BRAIN Initiative 相关数据。联系人信息为 Galvan, Adriana。数据集英文名明确指向猕猴 SMA 和 M1 的钙成像。关于采集设备、显微成像系统、病毒载体、钙指示剂类型、手术方法、麻醉或清醒状态、采集地点、采集时间范围以及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病相关研究,尤其是涉及钙成像和神经生理学数据分析的场景。由于主题涵盖钙成像,并涉及猕猴 SMA 和 M1 区域,可用于神经科学领域中关于运动皮层及相关脑区神经活动的研究。其 NWB 标准格式也适合用于数据共享、方法比较、分析流程开发和可重复性研究。此外,该数据集可作为神经系统疾病 / 其他分类下的公开资源,用于教学、算法测试或数据复用探索。关于该数据集是否适用于特定疾病模型、特定行为范式或特定临床问题,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 dandiarchive.org 获取,对应 DANDI Archive dandiset 001174。由于数据以 NWB 标准发布,使用者通常可借助支持 NWB 格式的工具进行读取、浏览和分析。具体下载方式、访问链接、API 调用方法、数据组织目录、文件命名规则以及推荐分析软件,源站未提供。使用者在获取数据后,应根据 NWB 标准结构理解数据内容,并结合自身研究问题进行神经生理学分析。关于是否需要申请权限、是否支持直接下载、是否有使用教程或示例代码,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 NWB 标准发布,并属于 BRAIN Initiative 相关神经生理学数据集,来源站为 dandiarchive.org。其联系人信息为 Galvan, Adriana。关于数据质量评估、信噪比、运动校正、细胞识别准确性、缺失数据情况、批次效应、样本量、统计功效以及潜在偏差,源站未提供。该数据集分类为神经系统疾病 / 其他,主题涵盖钙成像,但关于其是否覆盖特定疾病状态、对照条件或纵向时间点,源站未提供。使用者在使用时应结合自身分析需求评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集英文名为 Calcium imaging in SMA and M1 of macaques,来源站为 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001174。联系人信息为 Galvan, Adriana。关于该数据集的正式引用格式、DOI、版本号、许可协议、使用条款、署名要求以及商业使用限制,源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时,应访问 dandiarchive.org 上对应的 dandiset 001174 页面,以获取最新的引用与许可信息。

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源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001174

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001174. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Galvan, Adriana.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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