自动白质高信号分割:T1w 脑图谱及配套软件

白质高信号(WMH)是脑小血管病在脑 MRI 中可见的核心特征性表现之一。在此我们提供一套 T1w 脑 MRI 图谱和软件,用于按照先前建立的 WMH bullseye 分割方案[1](该方案有效涵盖所有 WMH 视觉评定量表)将给定的 WMH 分割结果划分为 36 个解剖感兴趣区(ROI)

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医学影像图像分割brain脑小血管病T1w 脑图谱图像分割
Automatic White Matter Hyperintensity Parcellation: T1w Brain Atlas and Corresponding Software

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

自动白质高信号分割:T1w 脑图谱及配套软件

白质高信号(WMH)是脑小血管病在脑 MRI 中可见的核心特征性表现之一。本数据集提供一套 T1w 脑 MRI 图谱及配套软件,用于按照先前建立的 WMH bullseye 分割方案,将给定的 WMH 分割结果划分为 36 个解剖感兴趣区(ROI)。该方案被认为能够有效涵盖所有 WMH 视觉评定量表。数据集英文名称为 Automatic White Matter Hyperintensity Parcellation: T1w Brain Atlas and Corresponding Software,来源站为 datashare.ed.ac.uk,主题标签包括 magnetic resonance imaging、brain、white matter hyperintensities,本站分类归入神经系统疾病 / 其他。

【数据集背景】

白质高信号(WMH)是脑小血管病在脑 MRI 中可见的核心特征性表现之一。针对 WMH 的评估,视觉评定量表在临床与研究中被广泛使用,而将 WMH 分割结果映射到具体的解剖区域,有助于更精细地刻画病灶的空间分布。本数据集所依据的 bullseye 分割方案,正是为这一目的而建立,并被描述为能够有效涵盖所有 WMH 视觉评定量表。该方案通过将白质划分为由脑室向皮层延伸的同心层,并结合脑叶与深部结构的划分,形成一套标准化的解剖分区框架,从而支持对 WMH 负担进行区域化的定量分析。

【数据内容】

本数据集的核心内容包括两部分:一套 T1w 脑 MRI 图谱模板,以及相应的软件。图谱模板用于通过配准获得脑叶分割;软件则用于构建同心层。具体而言,该技术首先将白质划分为 4 个等距同心层,这些层从脑室延伸至皮层。其次,对左右两侧大脑半球的额叶、顶叶、颞叶和枕叶进行勾画,同时将基底节、丘脑以及脑叶间区域合并,称为 BGIT 区域。最终,给定的 WMH 分割结果可被划分为 36 个解剖感兴趣区(ROI)。源站描述在软件构建同心层所依据的输入部分存在截断,未完整给出该处细节。

【采集与来源】

本数据集的来源站为 datashare.ed.ac.uk。数据集英文名称为 Automatic White Matter Hyperintensity Parcellation: T1w Brain Atlas and Corresponding Software。其主题标签包括 magnetic resonance imaging、brain、white matter hyperintensities。本站将其分类为神经系统疾病 / 其他。关于具体的扫描设备、采集参数、受试者数量与人群构成等信息,源站未提供。

【适用场景】

本数据集适用于需要将 WMH 分割结果映射到标准化解剖区域的场景。具体而言,可用于按照 bullseye 分割方案将给定的 WMH 分割结果划分为 36 个解剖 ROI,从而支持对白质高信号在脑室周围至皮层方向上的同心层分布,以及额叶、顶叶、颞叶、枕叶和 BGIT 区域中的分布进行区域化分析。由于该方案被描述为有效涵盖所有 WMH 视觉评定量表,因此也可用于与视觉评定量表相关的区域化对照研究。关于具体的临床诊断、预后预测等应用,源站未提供。

【使用方法】

使用本数据集时,首先借助所提供的 T1w 脑 MRI 图谱模板,通过配准获得脑叶分割。随后,使用配套软件,依据相应输入构建从脑室延伸至皮层的 4 个等距同心层。在此基础上,结合左右半球额叶、顶叶、颞叶、枕叶的勾画,以及合并的基底节、丘脑和脑叶间区域(BGIT 区域),将给定的 WMH 分割结果划分为 36 个解剖感兴趣区(ROI)。关于软件的具体运行环境、输入输出格式、参数设置与操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该方案被描述为能够有效涵盖所有 WMH 视觉评定量表,并采用等距同心层与脑叶、BGIT 区域相结合的分区方式,形成 36 个解剖 ROI 的标准化划分。关于该数据集与软件的具体验证结果、准确性指标、可重复性、适用范围限制以及潜在偏差,源站未提供。源站描述中关于软件构建同心层所依据输入的部分存在截断,相关细节不完整。

【引用与许可】

源站描述中提及了先前建立的 bullseye 分割方案,并以 [1] 作为引用标记,但未给出该引用的完整文献信息。关于本数据集自身的许可协议、使用条款与引用要求,源站未提供。

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源站:https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/9179

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

白质高信号(WMH)是脑小血管病的核心病理相关表现之一,可在脑MRI中观察到。在此,我们提供了一套T1w脑MRI图谱及软件,用于按照先前建立的WMH靶心分割法[1](该方法有效涵盖了所有WMH视觉评定量表)将给定的WMH分割结果划分为36个解剖感兴趣区(ROI)。该技术首先将白质分为从脑室延伸至皮层的4个等距同心层。其次,分别勾勒大脑左右半球的额叶、顶叶、颞叶和枕叶,同时将基底节、丘脑及叶间区域合并(称为BGIT区域)。我们提供了一套脑图谱模板,可通过配准获得脑叶分割,并附有软件,可利用SynthSeg[2]工具的输出构建同心层。该工具可实现快速且稳健的基于配准的分割。

我们在此不提供WMH分割工具,而是我们的分割工具可与任何WMH分割算法结合使用,或将任何其他ROI分割成相同的解剖学感兴趣区域。关于我们流程的最新版本,请参见https://github.com/BenjaminPhi5/auto-wmh-bullseye-parc。我们的软件流程仅针对Linux操作系统命令行使用进行了设计和测试,但理论上在任何能成功安装FreeSurfer的平台上都应能运行(FreeSurfer的基本要求可在此处查看:https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/SystemRequirements)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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