灵长类新皮层第5层端脑外投射神经元的形态电与转录组区域特化

该数据集属于神经系统疾病领域的公开数据资源,主题涵盖神经系统疾病。从来源站 dandiarchive.org 的描述来看,这是一份遵循 NWB 标准的神经生理学数据集,属于 BRAIN Initiative 相关项目,联系人为 Sawchuk, Scott

dandi
2024-07-10 更新
浏览 11
基因组分类神经系统疾病其他DANDI ArchiveNWB神经生理学BRAIN Initiative灵长类新皮层
Areal specializations in the morpho-electric and transcriptomic properties of layer 5 extratelencephalic-projecting neurons in the primate neocortex

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2024-07-10
版本
0.241028.1559

资源简介

灵长类新皮层第5层端脑外投射神经元的形态电与转录组区域特化

本数据集英文名为 Areal specializations in the morpho-electric and transcriptomic properties of layer 5 extratelencephalic-projecting neurons in the primate neocortex,收录于 DANDI Archive,编号为 dandiset 001065。该数据集属于神经系统疾病领域的公开数据资源,主题涵盖神经系统疾病。从来源站 dandiarchive.org 的描述来看,这是一份遵循 NWB 标准的神经生理学数据集,属于 BRAIN Initiative 相关项目,联系人为 Sawchuk, Scott。数据集关注灵长类新皮层中第 5 层向外端脑投射神经元的形态电学与转录组学特性的区域特化,整体上服务于神经系统疾病及相关神经科学问题的研究。

【数据集背景】

该数据集的主题聚焦于灵长类新皮层第 5 层向外端脑投射神经元。此类神经元在皮层输出通路中具有重要地位,其形态电学特性与转录组学特性在不同区域之间可能存在特化差异。数据集名称直接体现了这一研究关注点,即区域特化在形态电学与转录组学两个层面上的表现。数据集被归入神经系统疾病领域,说明其内容与神经系统疾病研究方向存在关联。来源站将其描述为 NWB 标准的神经生理学数据集,并标注为 BRAIN Initiative 相关数据,联系人信息为 Sawchuk, Scott。除上述内容外,源站未提供更多关于研究背景、科学假设或项目目标的说明。

【数据内容】

根据来源站描述,该数据集为 NWB 标准的神经生理学数据集。其主题涵盖灵长类新皮层第 5 层向外端脑投射神经元的形态电学与转录组学特性,并涉及这些特性在不同区域的专门化。数据集编号为 dandiset 001065。关于数据的具体模态组成、记录类型、样本数量、物种细节、脑区范围、细胞数量、文件规模、数据格式版本等,源站未提供。数据内容的具体组织方式、是否包含形态学重建、电生理记录或转录组学数据等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,即 DANDI Archive,数据集编号为 dandiset 001065。来源站将其标注为 NWB 标准的神经生理学数据集,并说明其属于 BRAIN Initiative。联系人信息为 Sawchuk, Scott。关于采集地点、采集设备、实验方案、伦理审批信息、采集时间范围、资助来源等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集属于神经系统疾病领域的公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。其内容涉及灵长类新皮层第 5 层向外端脑投射神经元的形态电学与转录组学特性及其区域特化,因此可用于与神经系统疾病、神经生理学、神经元形态电学特性、转录组学特征以及皮层区域专门化相关的研究场景。由于来源站将其描述为 NWB 标准的神经生理学数据集,其格式特征可能适合与支持 NWB 标准的分析工具配合使用。关于具体适用场景、推荐分析流程或预期应用方向,源站未提供。

【使用方法】

该数据集托管于 dandiarchive.org,编号为 dandiset 001065。来源站描述其为 NWB 标准的神经生理学数据集。关于如何下载、访问、解析或使用该数据集的具体步骤,源站未提供。是否提供 API、客户端工具、示例代码或使用文档,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集被来源站描述为 NWB 标准的神经生理学数据集,并标注为 BRAIN Initiative 相关数据。关于数据质量评估、完整性、标注准确性、批次效应、样本代表性、技术限制或使用注意事项,源站未提供。数据集被归入神经系统疾病领域,主题涵盖神经系统疾病,但具体疾病关联、适用范围与解释边界,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 dandiarchive.org,编号为 dandiset 001065,联系人为 Sawchuk, Scott。关于引用格式、许可协议、使用条款、版权归属或数据共享政策,源站未提供。

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源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001065

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001065. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Sawchuk, Scott.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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