APEX-OOPS在5种不同细胞系中-uv和-RNase对照的结果

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD060145

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA结合蛋白与其他生物分子形成复合物的能力，是其广泛结构特性和功能的基础。因此，理解RNA结合蛋白及其相互作用伙伴在稳态及扰动条件下的亚细胞分布，有助于揭示这些方面。在此，我们呈现区室化RNA结合蛋白（或称coRBP）图谱——一个通过多模态数据集整合与机器学习来研究亚细胞RNA结合蛋白的实验资源与分析流程。利用该方法，我们生成了一个包含1，768个已知和推定RNA结合蛋白的数据集，这些蛋白分布于广泛的亚细胞区室中，并描绘了它们的分子间和区室间关系。我们还建立了跨细胞多个尺度的含RNA结合蛋白复合物的层级结构，这提示了多种RNA结合蛋白的额外功能。此外，我们研究了响应C9ORF72相关肌萎缩侧索硬化/额颞叶痴呆二肽重复序列及DNA损伤应激时，RNA结合蛋白复合物组成和亚细胞分布的变化。

coRBP图谱为研究RNA结合蛋白在稳态与疾病中的作用提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。