20240331_AIBS_非人灵长类膜片钳测序

主题标签:神经系统疾病、非人灵长类、Patch-seq、神经生理学、NWB标准、BRAIN Initiative。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2025-03-11 更新
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其他神经系统疾病非人灵长类Patch-seq神经生理学NWB标准BRAIN Initiative
20240331_AIBS_Patchseq_nonhuman_primate

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2025-03-11
版本
0.240315.1754

资源简介

20240331_AIBS_非人灵长类膜片钳测序

20240331_AIBS_Patchseq_nonhuman_primate 是一个面向神经系统疾病领域的公开神经生理学数据集,收录于 DANDI Archive,对应 dandiset 编号 000934。该数据集采用 NWB 标准组织神经生理学数据,属于 BRAIN Initiative 相关数据资源,联系人为 Soliman, Sherif。其主题标签涵盖神经系统疾病、非人灵长类、Patch-seq、神经生理学、NWB 标准以及 BRAIN Initiative。从整体定位看,该数据集聚焦于非人灵长类样本的 Patch-seq 神经生理学记录,并以标准化格式对外发布,便于神经科学研究者围绕神经系统疾病相关机制开展数据检索、复用与分析。

【数据集背景】

该数据集来源于 DANDI Archive,源站描述其为 dandiset 000934,属于 BRAIN Initiative 相关的 NWB 标准神经生理学数据集。DANDI Archive 是面向神经生理学数据的公开归档平台,NWB(Neurodata Without Borders)标准则用于统一描述神经生理学实验数据及其元数据。该数据集的主题标签包括神经系统疾病、非人灵长类、Patch-seq、神经生理学、NWB 标准以及 BRAIN Initiative,说明其定位在神经系统疾病研究背景下,围绕非人灵长类样本的 Patch-seq 神经生理学数据展开。联系人为 Soliman, Sherif。除上述信息外,源站未提供更详细的数据集背景说明。

【数据内容】

该数据集的主题涵盖神经系统疾病,并涉及非人灵长类、Patch-seq 与神经生理学。其数据以 NWB 标准进行组织,属于神经生理学数据集。Patch-seq 通常与单细胞或细胞水平的电生理记录及后续分子特征关联相关,但就本数据集而言,源站未提供具体的细胞类型、脑区、记录通道数、样本数量、电生理指标或分子标记等细节。因此,关于数据内容的具体构成,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 dandiarchive.org,源站描述为 DANDI Archive dandiset 000934,属于 BRAIN Initiative 相关的 NWB 标准神经生理学数据集,联系人为 Soliman, Sherif。其主题标签包含非人灵长类与 Patch-seq,表明数据与非人灵长类样本的 Patch-seq 神经生理学记录有关。除来源站、数据集编号、标准格式、所属计划及联系人外,源站未提供采集地点、采集设备、实验方案、样本来源或伦理审批等具体信息。

【适用场景】

基于其主题标签与来源描述,该数据集适用于神经系统疾病领域的神经生理学研究,尤其是围绕非人灵长类样本、Patch-seq 方法以及 NWB 标准数据的检索、复用与再分析。由于数据采用 NWB 标准,可能便于与支持该格式的工具和流程配合使用。然而,源站未提供具体的适用分析类型、疾病模型、研究问题或推荐工作流,因此上述适用场景仅依据主题标签与标准格式进行概括,具体应用方向源站未提供。

【使用方法】

该数据集发布在 DANDI Archive,对应 dandiset 000934,采用 NWB 标准。通常可通过 DANDI Archive 平台访问该数据集,并依据 NWB 标准使用相应工具读取和处理。联系人为 Soliman, Sherif。除来源站、数据集编号、标准格式与联系人外,源站未提供下载方式、访问权限、文件结构、依赖软件或分析示例等具体使用说明。

【质量与限制】

该数据集属于 BRAIN Initiative 相关的 NWB 标准神经生理学数据集,来源为 DANDI Archive,主题标签涵盖神经系统疾病、非人灵长类、Patch-seq、神经生理学、NWB 标准与 BRAIN Initiative。源站未提供数据质量评估、缺失情况、批次效应、样本量、噪声水平或验证结果等信息。因此,关于该数据集的质量指标与使用限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 dandiarchive.org,源站描述为 DANDI Archive dandiset 000934,联系人为 Soliman, Sherif。源站未提供具体的引用格式、DOI、许可协议或使用条款。因此,关于引用方式与许可信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/000934

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 000934. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Soliman, Sherif.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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