SMA 与对照的同基因人 iPSC 模型 10x 单细胞 RNAseq 样本集

资源简介

SMA 与对照的同基因人 iPSC 模型 10x 单细胞 RNAseq 样本集

该数据集为一份聚焦神经系统疾病领域的单细胞转录组样本集，来源于 omicsdi.org，主题归类为基因组学。其核心内容是对同基因人诱导多能干细胞（iPSC）模型开展 10x Genomics 单细胞 RNA 测序，模型涵盖脊髓性肌萎缩症（SMA）与对照两组，并在第 4 天、第 20 天和第 40 天三个时间点进行转录组分析。相关分析成果已发表于 Grass 等人的手稿《An isogenic human iPSC model unravels neurodevelopmental abnormalities in SMA》。该数据集可用于观察 SMA 与对照在同基因背景下随培养时间推移的细胞层面转录组差异，属于神经系统疾病分类下的单细胞测序资源。

【数据集背景】

该数据集围绕脊髓性肌萎缩症（SMA）的研究需求建立。SMA 属于神经系统疾病，本数据集在站内即归入“神经系统疾病 / 其他”分类。研究采用同基因人 iPSC 模型，即 SMA 模型与对照在遗传背景上保持一致，从而便于将观察到的差异归因于疾病相关因素而非背景差异。源站描述指出，该模型用于解析 SMA 中的神经发育异常，相关分析结果已在 Grass 等人的手稿中报告。数据集的主题标签为 Genomics，表明其内容侧重基因组学层面的测序数据。

【数据内容】

数据内容为 10x Genomics 单细胞 RNA 测序（single-cell RNAseq）所产生的样本集，覆盖 SMA 模型与对照两类样本。转录组分析在三个时间点开展，分别为第 4 天、第 20 天和第 40 天，由此形成跨时间点的单细胞表达谱样本集合。数据集英文名称为“110f70ec-37e0-4992-8e4b-c9af96a1c3a9 - samples”，提示其以样本（samples）为单位组织。除上述测序平台、样本分组与时间点信息外，源站未提供关于细胞数量、测序深度、基因数目等具体指标。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述说明，数据由 10x Genomics 单细胞 RNAseq 技术对同基因人 iPSC 模型（SMA 与对照）进行转录组分析获得，分析时间点为第 4 天、第 20 天和第 40 天。相关分析在 Grass 等人的手稿《An isogenic human iPSC model unravels neurodevelopmental abnormalities in SMA》中报告。关于样本采集地点、伦理审批信息、具体细胞系名称等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病尤其是 SMA 相关的转录组研究场景，包括：在单细胞层面比较 SMA 模型与对照在多个时间点的表达差异；考察体外 iPSC 模型随培养时间（第 4 天、第 20 天、第 40 天）推移的转录组变化；为神经发育异常相关假设提供单细胞表达层面的参考；以及作为基因组学主题下单细胞 RNAseq 分析的方法学参考数据。由于采用同基因模型，亦可用于强调遗传背景一致条件下的疾病相关比较研究。

【使用方法】

使用时可依据样本分组（SMA 与对照）与时间点（第 4 天、第 20 天、第 40 天）组织分析，对 10x Genomics 单细胞 RNAseq 数据进行常规的单细胞表达谱处理与比较。由于源站未提供具体的文件格式、处理流程与标准化参数，实际使用时应以数据下载页面所附说明为准；源站未提供的内容在此不作推断。

【质量与限制】

该数据集基于 10x Genomics 单细胞 RNAseq，具备单细胞分辨率与多时间点设计。其限制在于：源站未提供细胞数、测序深度、批次信息、质控指标等质量相关细节；数据仅涵盖体外 iPSC 模型的三个时间点，源站未说明其是否覆盖其他时间点或体内样本；此外，源站未提供数据规模与完整性说明。使用者在解释结果时需考虑上述信息缺口。

【引用与许可】

引用方面，相关分析报告于 Grass 等人的手稿《An isogenic human iPSC model unravels neurodevelopmental abnormalities in SMA》，使用该数据集时应引用该文献。许可信息源站未提供，使用前应向数据来源方确认授权与使用条款。