人类tau蛋白病脑胶质细胞图谱揭示额颞叶变性中星形胶质细胞转录本富集

该数据集来自 NCBI BioProject(编号 PRJNA796018),主题为人类 tau 蛋白病脑组织的胶质细胞转录组分析,聚焦 tau 相关额颞叶变性中星形胶质细胞转录本的富集现象

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA796018: Glial profiling of human tauopathy brain demonstrates enrichment of astrocytic transcripts in tau-related frontotemporal degeneration

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

人类tau蛋白病脑胶质细胞图谱揭示额颞叶变性中星形胶质细胞转录本富集

PRJNA796018 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目,其英文标题为“Glial profiling of human tauopathy brain demonstrates enrichment of astrocytic transcripts in tau-related frontotemporal degeneration”。该项目围绕人类 tau 蛋白病脑组织中的胶质细胞展开转录组层面的分析,重点关注 tau 相关额颞叶变性过程中星形胶质细胞转录本的富集现象。从分类上看,该数据集归属于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向,主题标签为转录组或基因表达。它为研究者提供了一个集中获取该项目所产生多种数据类型链接的入口,便于围绕 tau 蛋白病中胶质细胞尤其是星形胶质细胞的变化开展基因表达层面的探索。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,编号为 PRJNA796018。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集的一组生物学数据,这些数据来自单一机构或某个联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,用以查找该项目所产生的多种数据类型之间的链接。就本项目而言,其研究背景聚焦于人类 tau 蛋白病脑组织,并特别关注 tau 相关额颞叶变性中星形胶质细胞转录本的富集情况,属于神经系统疾病与阿尔茨海默病相关的研究范畴。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其内容属于转录组或基因表达范畴。项目标题提示其核心内容是对人类 tau 蛋白病脑组织进行胶质细胞层面的分析,并揭示 tau 相关额颞叶变性中星形胶质细胞转录本的富集现象。除上述信息外,关于样本数量、测序平台、具体基因列表、表达量数值等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,收录于 NCBI BioProject 数据库,项目编号为 PRJNA796018。根据 BioProject 的一般定义,此类记录汇集了与单一研究计划相关的生物学数据,这些数据源自单一机构或联合体,并为用户提供查找该项目多种数据类型链接的统一入口。关于本项目的具体采样组织来源、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体的提交机构,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与标题信息,该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景,尤其是围绕人类 tau 蛋白病、tau 相关额颞叶变性以及胶质细胞(特别是星形胶质细胞)转录本富集现象的分析。它也可服务于神经系统疾病与阿尔茨海默病方向的数据检索与整合利用。关于更具体的适用分析类型或推荐应用方向,源站未提供。

【使用方法】

作为 BioProject 记录,该数据集为用户提供一个统一的位置,用以查找该项目所产生的多种数据类型之间的链接。使用者可通过 NCBI BioProject 中编号 PRJNA796018 的记录入口,获取与该研究计划相关的数据链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于围绕单一研究计划汇集的生物学数据记录。关于本项目的样本质量评估、数据完整性、批次效应、技术偏差或其它质量控制指标,源站未提供。使用者在利用该数据集时,应结合源站记录自行核实相关数据细节。

【引用与许可】

该数据集收录于 NCBI BioProject,编号为 PRJNA796018,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于本项目的具体引用格式、作者列表、发表文献以及许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA796018

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了解额颞叶变性伴tau蛋白病理(FTD-tau)中胶质细胞可能发生的变化,我们使用NanoString胶质细胞分析面板,在人类对照(n = 8)、阿尔茨海默病(AD)(n = 8)和FTD-tau(n = 8)的背外侧前额叶皮层中测量了770个与胶质细胞生物学相关的转录本。与对照组相比,FTD-tau样本中有43个基因上调,86个基因下调。而在AD中,仅有3个基因上调,2个基因下调。通路分析显示,FTD-tau中许多与星形胶质细胞、微胶质细胞和少突胶质细胞相关的通路评分增加,而神经元相关通路评分则下降。我们将这些结果与先前发表的一个包含许多相同样本的蛋白质组学数据集进行了比较,发现靶向面板方法能够获取蛋白质组学中未测量到的蛋白质对应的基因测量值。我们的结果表明,多组学方法具有实用性,并且FTD-tau中胶质细胞存在显著失调。总体设计:我们共分析了24份人类背外侧前额叶皮层样本:对照组(n = 8)、阿尔茨海默病(AD)(n = 8)和FTD-tau(n = 8)。

分析中使用的代码可在此处找到:https://github.com/ashlyngjohnson/JohnsonEtAl_GlialProfilingManuscript。

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