APOE ε4 人类小胶质细胞与星形胶质细胞胆固醇及基质体通路失调数据集

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 786229),主题为转录组或基因表达,聚焦 APOE ε4 人类小胶质细胞与星形胶质细胞中胆固醇及基质体通路的失调,属于神经系统疾病与阿尔茨海默病研究方向

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA786229: Cholesterol and matrisome pathways dysregulated in APOE ε4 human microglia and astrocytes [populationAPOE]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

APOE ε4 人类小胶质细胞与星形胶质细胞胆固醇及基质体通路失调数据集

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目,编号 PRJNA786229,英文标题为 Cholesterol and matrisome pathways dysregulated in APOE ε4 human microglia and astrocytes [populationAPOE]。项目主题标签为 Transcriptome or Gene expression,即转录组或基因表达。研究聚焦于 APOE ε4 背景下人类小胶质细胞与星形胶质细胞中胆固醇及基质体(matrisome)通路的失调,属于神经系统疾病与阿尔茨海默病研究方向。BioProject 作为生物数据集合,通常用于汇集由单一机构或联盟发起的同一研究计划所产生的多种数据类型,并为用户提供统一入口以查找该项目关联的各类数据。该数据集因此可作为探索 APOE ε4 相关胶质细胞转录组变化及阿尔茨海默病机制研究的资源入口。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 786229,英文名称为 PRJNA786229: Cholesterol and matrisome pathways dysregulated in APOE ε4 human microglia and astrocytes [populationAPOE]。其研究主题围绕 APOE ε4 这一遗传背景展开,关注人类小胶质细胞与星形胶质细胞中胆固醇通路和基质体通路的失调现象。在神经系统疾病与阿尔茨海默病的研究框架下,该数据集被归类于相关研究方向。BioProject 记录本身旨在为同一研究计划所生成的不同数据类型提供集中链接,因此该项目可视为一个围绕特定生物学问题组织起来的数据集合。源站描述指出,BioProject 来自单一组织或联盟,用于汇集与单一计划相关的生物数据,并提供用户查找多种数据类型的统一位置。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目标题明确提及胆固醇和基质体通路在 APOE ε4 人类小胶质细胞与星形胶质细胞中的失调,因此数据内容应围绕这些细胞类型和通路展开。然而,关于具体的样本数量、测序平台、基因表达矩阵、差异表达基因列表、通路富集分析结果等详细数据内容,源站未提供。该数据集在分类上属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病,因此其数据内容可能服务于该领域的机制研究,但具体数据文件、格式和规模等信息未在已有资料中说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库。项目编号为 786229,英文名称中包含 PRJNA786229。源站描述说明,BioProject 是一个生物数据集合,来源于单一组织或联盟,旨在为同一研究计划提供统一的数据查找入口。关于样本采集的具体方法、供体信息、伦理审批、细胞来源、实验处理条件、测序中心等采集与来源细节,源站未提供。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,提示其数据可能通过转录组相关技术产生,但具体技术路线和采集流程未在已有信息中说明。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病与阿尔茨海默病相关研究,尤其是围绕 APOE ε4 遗传风险因素、人类小胶质细胞与星形胶质细胞功能、胆固醇代谢通路以及基质体通路失调等方向的探索。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression,该数据集可用于基因表达分析、转录组比较、通路水平变化研究等场景。研究人员可能利用该数据集寻找 APOE ε4 背景下胶质细胞中胆固醇和基质体相关基因的表达变化,或将其作为阿尔茨海默病机制研究的参考数据。然而,具体的适用分析类型、可支持的统计方法以及预期应用范围,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问,项目编号为 786229,英文名称为 PRJNA786229。用户可在 BioProject 记录中查找与该项目关联的多种数据类型。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供一个统一位置,以找到为该项目生成的不同数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理步骤、标准化方法以及重现分析流程,源站未提供。因此,使用者需依据 BioProject 页面所链接的实际数据资源进行进一步操作,但具体操作细节未在已有信息中说明。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共生物数据资源。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression,项目标题涉及 APOE ε4 人类小胶质细胞与星形胶质细胞中胆固醇和基质体通路的失调。然而,关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应、样本量、统计功效、验证实验等质量相关信息,源站未提供。此外,该数据集的限制可能包括:仅聚焦于特定细胞类型和特定通路,研究结论的普适性需谨慎对待;具体数据内容未在已有资料中详细说明,可能影响使用者的判断。由于源站未提供质量与限制的详细说明,使用者应参考原始项目页面及相关文献进行评估。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 786229,英文名称为 PRJNA786229: Cholesterol and matrisome pathways dysregulated in APOE ε4 human microglia and astrocytes [populationAPOE]。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策以及是否需要获得额外授权等信息,源站未提供。使用者应访问 NCBI BioProject 页面,查看该项目记录的官方引用指南和许可说明。由于源站未提供具体引用与许可信息,无法在此给出确切的引用格式或使用限制。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA786229

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

载脂蛋白E4(APOE4)是阿尔茨海默病(AD)最强的遗传风险因素,但其对人脑细胞功能的影响仍不清楚。在此,我们研究了APOE4对来源于人群和同基因型人类诱导多能干细胞模型、死后脑组织以及APOE靶向替换小鼠的脑细胞类型的影响。人群和同基因型模型揭示,APOE4局部单倍型而非单一风险等位基因单独促成风险。全局转录组分析揭示了星形胶质细胞和小胶质细胞中人类特异性的、APOE4驱动的脂质代谢失调。APOE4导致从头胆固醇合成升高,尽管星形胶质细胞中胆固醇的溶酶体隔离导致细胞内胆固醇积累。转录组分析揭示了与星形胶质细胞中趋化性、胶质激活和脂质生物合成上调相关的Matrisome失调,与神经元共培养再现了人脑中改变的星形胶质细胞matrisome信号传导。因此,APOE4引发胶质细胞特异性的细胞及非细胞自主性失调,这可能促成AD风险增加。

总体设计:我们对群体iPSC衍生的、CRISPR编辑的等基因iPSC衍生的星形胶质细胞、小胶质细胞、混合皮层培养物、来自APOE 33与APOE 44的BMECs,以及来自APOE 33、APOE 44、Apoe WT和Apoe KO的小鼠星形胶质细胞和小胶质细胞进行了bulk RNA测序。这个特定的数据集是群体APOE 33和APOE 44细胞类型。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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