Aβ处理原代培养小鼠星形胶质细胞的下一代RNA测序：研究ODC1抑制对AD样星形胶质细胞的影响
该数据集为BioProject编号PRJNA771360的下一代RNA测序数据，研究对象是经Aβ处理的体外原代培养小鼠星形胶质细胞，目的是考察抑制ODC1后对阿尔茨海默病样星形胶质细胞的影响
基本信息
资源简介
Aβ处理原代培养小鼠星形胶质细胞的下一代RNA测序：研究ODC1抑制对AD样星形胶质细胞的影响
PRJNA771360 是一项聚焦神经系统疾病中阿尔茨海默病方向的转录组学数据集，其英文全称为“Next generation RNA sequencing of Aβ-treated primary cultured mouse astrocytes to study the effect of ODC1 inhibition on AD-like astrocytes”。该数据集依托 NCBI BioProject 平台发布，属于下一代 RNA 测序数据，研究对象为经 Aβ 处理的体外原代培养小鼠星形胶质细胞，核心目的在于考察抑制 ODC1 之后，对阿尔茨海默病样星形胶质细胞所产生的影响。从主题标签来看，该数据集归属于转录组或基因表达范畴，适合从基因表达层面观察上述处理条件下星形胶质细胞的转录变化。整体而言，该数据集为阿尔茨海默病相关细胞模型研究提供了一项以 RNA 测序为基础的公开数据资源，便于研究者围绕 Aβ 处理、ODC1 抑制以及星形胶质细胞反应等方向开展后续分析。
【数据集背景】
该数据集所属分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其英文名称明确指向一项针对阿尔茨海默病样星形胶质细胞的研究，研究采用下一代 RNA 测序技术，以经 Aβ 处理的体外原代培养小鼠星形胶质细胞为对象，并围绕 ODC1 抑制这一干预条件展开。BioProject 作为生物数据集合，通常用于汇集与某一项研究计划相关的多种数据类型，并提供一个集中入口，方便用户查找该项目所产生的各类数据。该数据集正是以 BioProject 编号 PRJNA771360 进行标识和发布。
【数据内容】
该数据集的内容为下一代 RNA 测序数据，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达。研究对象是经 Aβ 处理的体外原代培养小鼠星形胶质细胞，研究目的是考察抑制 ODC1 后对阿尔茨海默病样星形胶质细胞的影响。因此，从数据类型上看，该数据集应包含与基因表达相关的测序信息，可用于分析在上述实验条件下星形胶质细胞的转录组特征。除上述信息外，源站未提供更详细的数据组成说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，BioProject 编号为 PRJNA771360。其英文名称显示，样本材料为体外原代培养的小鼠星形胶质细胞，并经过 Aβ 处理，同时涉及 ODC1 抑制这一研究条件。关于具体的采集时间、采集地点、实验批次、测序平台、建库方法、样本数量等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病相关研究，尤其是围绕星形胶质细胞在 Aβ 处理条件下转录组变化的研究。由于主题标签为转录组或基因表达，该数据可用于基因表达层面的分析，例如比较不同处理条件下星形胶质细胞的表达特征，或围绕 ODC1 抑制对阿尔茨海默病样星形胶质细胞的影响开展探索。其分类归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病，因此也适合作为该疾病领域细胞模型研究的公开数据资源。关于更具体的适用分析类型或研究设计，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 编号 PRJNA771360 发布，用户可通过 NCBI BioProject 平台查找该项目，并借助 BioProject 记录所提供的集中入口，获取与该项目相关的各类数据链接。BioProject 记录的作用在于汇集与单一研究计划相关的生物数据，并方便用户定位该项目产生的不同数据类型。关于该数据集的具体下载方式、文件格式、分析流程或推荐工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 编号 PRJNA771360 的下一代 RNA 测序数据，研究对象为经 Aβ 处理的体外原代培养小鼠星形胶质细胞，研究目的为考察抑制 ODC1 后对阿尔茨海默病样星形胶质细胞的影响。关于数据质量指标、测序深度、重复数、批次效应、样本纳入排除标准、数据完整性等具体质量与限制信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，BioProject 编号为 PRJNA771360，英文名称为“Next generation RNA sequencing of Aβ-treated primary cultured mouse astrocytes to study the effect of ODC1 inhibition on AD-like astrocytes”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或授权信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA771360
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：尿素循环在阿尔茨海默病（AD）星形胶质细胞中的存在及其作用尚未得到充分研究。过去，ODC1抑制剂DFMO（二氟甲基鸟氨酸）已被证明对AD样病理具有神经保护作用，但这种作用的生化机制在很大程度上仍不清楚。在本研究中，我们旨在比较未处理和Aβ处理的星形胶质细胞的转录组，并进一步研究在Aβ处理条件下DFMO处理的效果。方法：使用HiSeq 2500，在三种处理条件下，以 duplicates 形式通过高通量NGS生成原代星形胶质细胞培养物（来自P0-P1小鼠幼崽）的mRNA谱。使用Partek Genomics Suite分析序列读数，使用STAR进行比对，然后定量到小鼠基因组组装（mm10 Ensemble transcripts release 99），随后将其标准化为中位数比值，并使用DeSeq2算法进行差异分析。最后，参考KEGG数据库进行通路分析，以研究生物分子通路的差异表达。
结果：采用优化的数据分析流程，我们将每个样本约5000万条序列读段比对到小鼠基因组（版本mm10），并在数据集中鉴定出18783个基因。差异分析显示，在Aβ处理星形胶质细胞后，自噬相关基因上调，同时参与尿素循环代谢的基因被激活。DFMO抑制ODC1可诱导参与APP非淀粉样蛋白生成途径的基因上调，以及淀粉样蛋白生成相关基因的下调。通路分析显示，Aβ处理后尿素循环和尿素代谢过程通路上调，以及选择性自噬和吞噬体-溶酶体融合通路增强。结论：我们的研究首次对Aβ处理下的小鼠星形胶质细胞培养物转录组进行了详细分析，并利用RNA-seq技术、包含生物学重复，研究了ODC1抑制对其产生的影响。优化的数据
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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