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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA704815：阿尔茨海默病人脑星形胶质细胞与少突胶质细胞的单核转录组图谱 I

PRJNA704815 是一个聚焦于阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease）相关神经胶质细胞转录组特征的数据集，英文全称为 Single nuclei transcriptomic profiling of human astrocytes and oligodendrocytes in Alzheimer’s disease I。该数据集收录于 NCBI BioProject，项目编号为 704815，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站将其归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。从整体定位看，该数据集旨在通过单核转录组分析手段，刻画阿尔茨海默病人脑中星形胶质细胞与少突胶质细胞的基因表达图谱，为理解该疾病中两类重要胶质细胞的分子变化提供数据基础。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于生物医学领域常用的公共数据资源平台。

【数据集背景】

阿尔茨海默病是一种常见的神经系统疾病，其病理机制涉及多种脑细胞类型的变化。在脑组织中，星形胶质细胞和少突胶质细胞是两类重要的胶质细胞，前者参与维持神经元微环境、代谢支持和血脑屏障调控等过程，后者则主要参与髓鞘形成与轴突绝缘。随着单核转录组技术的发展，研究者能够从组织样本中获取单个细胞核层面的基因表达信息，从而更细致地观察不同细胞类型在疾病状态下的转录特征。该数据集正是在这一背景下，针对阿尔茨海默病人脑中的星形胶质细胞和少突胶质细胞开展单核转录组图谱分析。其 BioProject 记录作为项目入口，汇集了与该项目相关的多种数据类型链接，便于用户从统一位置获取项目所生成的数据。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心内容围绕转录组或基因表达信息展开。数据集英文名称明确指向“单核转录组图谱”（Single nuclei transcriptomic profiling），研究对象为人脑中的星形胶质细胞和少突胶质细胞，疾病背景为阿尔茨海默病。因此，其数据内容应涉及上述两类细胞在阿尔茨海默病条件下的单核转录组表达谱。不过，关于具体样本数量、测序平台、基因覆盖度、细胞核数目、差异表达基因列表等细节，源站未提供。该数据集属于 BioProject 项目记录，BioProject 本身是围绕某一项研究计划或联盟计划所生成的生物数据的集合，因此该记录可能关联多种数据类型，但具体关联了哪些数据文件或子项目，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 NCBI BioProject 形式发布，项目 ID 为 704815。BioProject 记录通常由单一组织或联盟发起，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。根据源站描述，BioProject 为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所生成的不同数据类型。该数据集被本站归类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向，说明其应用领域与神经科学和疾病研究相关。关于样本采集地点、供体信息、伦理审批、组织处理方式、测序中心等具体采集与来源信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与阿尔茨海默病相关的神经生物学研究，尤其是关注星形胶质细胞和少突胶质细胞在疾病中转录组变化的研究方向。潜在应用包括：探索阿尔茨海默病人脑中胶质细胞的基因表达特征；比较不同胶质细胞类型的转录谱；为后续功能实验或生物标志物研究提供候选基因或通路线索；以及作为公共转录组数据资源，用于方法学验证或整合分析。由于该数据集属于 BioProject 记录，用户也可以通过该入口查找项目关联的其他数据类型，以支持多组学或综合性研究。但具体适用场景需结合项目实际释放的数据类型和样本信息来判断，源站未提供更细化的应用说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 704815 或数据集英文名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接，用户可据此进一步获取相关数据文件或子项目信息。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、推荐工具、代码示例等具体使用方法，源站未提供。由于该数据集涉及单核转录组数据，通常此类数据可能需要借助专门的单细胞/单核转录组分析工具进行处理，但该数据集具体推荐的分析路径，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录，其数据质量与完整性取决于项目提交方所提供的信息。BioProject 作为项目汇总入口，本身并不一定包含所有原始数据或分析结果，用户需通过其链接进一步获取具体数据。该数据集聚焦于阿尔茨海默病人脑星形胶质细胞和少突胶质细胞的单核转录组，研究范围相对明确，但关于样本量、疾病分期、对照组设置、技术重复、批次效应、数据质控指标等关键质量信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户应结合项目关联的原始数据和分析文档自行评估其适用性与局限性。此外，该数据集名称中带有“I”，可能暗示存在后续或相关项目，但源站未提供相关信息。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE167490

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA704815

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单核RNA测序（snRNA-seq）数据集，旨在表征从人类死后APOE e2/3阿尔茨海默病（AD）及年龄匹配的无症状（NS）大脑中分离的星形胶质细胞和少突胶质细胞。总体设计：从16名供体（NS患者=6名，AD患者=10名；所有供体均经确认为APOE e2/3单倍型）的死后前额叶皮层中分离细胞核。为了在snRNA-seq中提高星形胶质细胞的捕获效率，我们优化了一个平台，通过基于LIM/同源盒蛋白（LHX2）阳性/NeuN阴性染色对细胞核进行标记和分选，以富集星形胶质细胞。随后，使用Single Cell 3’基因表达试剂盒v3（10x Chromium）制备细胞核以进行snRNA-seq。生成的snRNA-seq文库使用Illumina NovaSeq 6000进行测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别