基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA549443：阿尔茨海默病中颞回转录组变化：RNA代谢与线粒体相关膜（MAM）基因的重要性

PRJNA549443 是一个聚焦阿尔茨海默病中颞回转录组变化的生物项目数据集，来源于 NCBI BioProject（ID 549443）。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，核心关注点在于阿尔茨海默病中颞回区域的基因表达变化，并强调 RNA 代谢与线粒体相关膜（MAM）基因在该病理过程中的重要性。数据集归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类，可为研究阿尔茨海默病分子机制的研究者提供来自特定脑区的转录组层面数据资源。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA549443。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物数据，这些数据可来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。本数据集所对应的研究计划聚焦于阿尔茨海默病中颞回的转录组变化，属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病研究领域。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容围绕转录组或基因表达数据展开。数据集标题明确指出其研究内容为阿尔茨海默病中颞回的转录组变化，并强调 RNA 代谢与线粒体相关膜（MAM）基因的重要性。因此，该数据集的核心数据应涉及中颞回区域的基因表达信息，并可能与 RNA 代谢及 MAM 相关基因的表达特征有关。除上述信息外，源站未提供更详细的数据内容描述。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 549443。BioProject 作为数据组织框架，汇集了与单一研究计划相关的生物数据。该项目的英文标题为“Transcriptome changes in the Alzheimer's middle temporal gyrus: importance of RNA metabolism and mitochondria-associated membrane (MAM) genes”，表明其研究样本或数据与阿尔茨海默病中颞回相关。关于具体的样本采集方法、测序平台、样本数量、伦理审批信息等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与阿尔茨海默病相关的转录组研究，尤其是关注中颞回区域基因表达变化的研究。由于数据集强调 RNA 代谢与线粒体相关膜（MAM）基因的重要性，其可能适用于探索这些特定基因群在阿尔茨海默病病理机制中的作用。此外，该数据集也可用于比较不同脑区或不同疾病状态下的基因表达模式，或作为阿尔茨海默病分子机制研究的参考数据资源。具体适用场景需结合源站提供的原始数据和分析工具进一步确定。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目编号为 PRJNA549443。用户可在 NCBI BioProject 页面中查找该项目记录，并通过记录中提供的链接获取与该项目相关的多种数据类型。由于 BioProject 记录本身是数据链接的汇集入口，具体的数据下载和分析方法需依据源站提供的指引进行。关于数据处理流程、分析工具或代码等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物数据资源。其标题和主题标签明确指向阿尔茨海默病中颞回的转录组变化，并强调 RNA 代谢与 MAM 基因。然而，关于数据质量评估、样本量、测序深度、数据完整性等具体指标，源站未提供。此外，该数据集可能仅涵盖特定研究计划所产生的数据，其结论的普适性需结合其他研究进行验证。使用时应参考源站提供的元数据和相关文献。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 的通用引用规范，并参考项目编号 PRJNA549443。关于该数据集的具体许可协议、使用限制或引用要求，源站未提供。用户在使用该数据集时，应查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据记录，以获取最新的引用和许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE132903

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA549443

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们使用Illumina Human HT-12 v4芯片比较了阿尔茨海默病(AD=97)与非痴呆对照组(ND=98)中颞回(MTG；BA21)的RNA表达。共有938个转录本表现出高度差异表达(校正p<0.01；log2倍数变化(FC)≥|0.500|)，其中AD中411个过表达，527个低表达。我们的结果与独立数据集中通过激光捕获显微切割从MTG获取的AD和ND神经元表达谱相关(log2 FC相关性：r=0.504；p=2.2e-16)。此外，选定的效应通过qPCR进行了验证。ANOVA分析显示，性别对AD反应无差异，但检测到一些性别特异性基因(例如：男性中的IL8和AGRN，女性中的HSPH1和GRM1)。几个转录本与Braak分期(例如AEBP1和DNALI1)、死前MMSE(例如AEBP1和GFAP)以及缠结密度(例如RNU1G2和DNALI1)相关。在通路水平上，我们检测到突触小泡过程和GABA能传递基因的富集。

最后，应用加权基因共表达网络分析（WGCNA），我们鉴定出4个表达模块，这些模块富集了神经元和突触基因、线粒体相关膜（MAM）、化学刺激和嗅觉受体以及非编码RNA代谢基因。我们的结果代表了对大样本AD和ND中MTG mRNA谱的广泛描述。这些数据提供了一系列与AD相关并与神经原纤维缠结密度相关的基因。此外，这些数据强调了线粒体膜和与嗅觉受体相关的转录本在AD中的重要性。总体设计：我们使用Illumina Human HT-12 v4芯片比较了阿尔茨海默病（AD = 97）和非痴呆对照（ND = 98）之间中颞回（MTG；BA21）的RNA表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别