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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

从人多能干细胞高效诱导小胶质细胞样细胞

PRJNA339538 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目，其英文名称为“Efficient derivation of microglia-like cells from human pluripotent stem cells”。该项目围绕人类多能干细胞向小胶质细胞样细胞的高效诱导展开，主题标签为转录组或基因表达。从分类上看，它被归入神经系统疾病与阿尔茨海默病相关研究方向。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该项目正是这一体系下的一个具体条目，编号为 339538，物种来源标注为 Homo sapiens。整体而言，该数据集为研究人多能干细胞向小胶质细胞样细胞分化过程提供了数据入口，并关联到神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病的研究语境。

【数据集背景】

该数据集对应的研究计划聚焦于从人多能干细胞高效诱导小胶质细胞样细胞。小胶质细胞是中枢神经系统中的固有免疫细胞，在神经系统疾病和阿尔茨海默病等病理过程中受到广泛关注。由于原代人类小胶质细胞获取困难，利用人多能干细胞诱导产生小胶质细胞样细胞成为相关研究的重要途径。该 BioProject 记录即围绕这一诱导过程建立，归属于神经系统疾病与阿尔茨海默病分类之下，物种为 Homo sapiens。源站将其描述为一项单一研究计划所产生的生物数据集合，来自单一组织或联盟，并提供统一入口以链接该项目生成的不同数据类型。

【数据内容】

该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供单一位置，以查找该项目所产生的多样数据类型之间的链接。除上述主题标签和项目名称所指向的诱导研究外，源站未提供更细粒度的数据内容说明，例如具体样本数量、测序平台、表达矩阵或差异基因列表等，均未在已有信息中体现。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 339538，物种标注为 Homo sapiens。源站对 BioProject 的通用描述说明，此类记录汇集与单一研究计划相关的生物数据，该计划源自单一组织或联盟。关于本项目的具体采集方法、实验设计、样本处理流程、时间地点及研究者信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其分类和主题，该数据集适用于神经系统疾病与阿尔茨海默病相关研究背景下的转录组或基因表达分析，尤其是涉及人多能干细胞向小胶质细胞样细胞诱导分化的研究场景。研究人员可通过该 BioProject 记录查找该项目生成的不同数据类型之间的链接。关于更具体的适用场景，如特定疾病模型、药物筛选或比较分析等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过项目编号 339538 在 NCBI BioProject 中定位该条目，并借助记录中的链接访问该项目生成的不同数据类型。关于数据下载方式、文件格式、分析工具或操作步骤等具体使用方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物项目记录。源站描述仅说明 BioProject 作为数据集合与链接入口的通用性质，未提供针对本项目的质量评估、数据完整性、批次效应、样本量或验证结果等信息。因此，关于该数据集的具体质量指标与使用限制，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE85839

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA339538

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小胶质细胞样细胞和神经细胞由多个hES和hiPS细胞系生成。通过RNA测序对其中一个亚群进行了表征，并将其与已发表的初级和诱导样本的表达谱进行了比较。摘要：小胶质细胞是中枢神经系统（CNS）中唯一终身驻留的免疫细胞，属于高度特化的巨噬细胞，已被认为在阿尔茨海默病、帕金森病和肾上腺脑白质营养不良（ALD）等神经退行性疾病中发挥关键作用。然而，与人类CNS的其他细胞类型不同，真正的小胶质细胞尚未能从培养的人类多能干细胞中衍生获得。在此，我们建立了一种稳健且高效的方案，可在确定的无血清培养条件下，从人类胚胎干细胞（ES）和诱导多能干细胞（iPS）中快速生成小胶质细胞样细胞。这些体外多能干细胞衍生的小胶质细胞样细胞（称为pMGLs）忠实地再现了其体内对应细胞的预期个体发生和特征，并与原代人胎儿和小鼠小胶质细胞相似。

我们从多种疾病特异性细胞系中生成这些细胞，并发现来源于MeCP2突变型hES细胞的pMGLs比其同基因对照更小。我们进一步描述了一个培养平台，用于研究pMGLs在器官型3D培养中的整合和活体行为。这种模块化分化系统允许在高度确定的条件下研究小胶质细胞，因为它们响应发育相关线索而成熟，并提供了一个框架来研究驻留在组织样环境中的小胶质细胞的长期相互作用。总体设计：个体供体/遗传背景。数据集包括4个分化的神经祖细胞生物学重复（NPC1-4），2个原代胎儿小胶质细胞样本作为参考，5个在基础培养基中生长的诱导小胶质细胞样本（pMGL1-5），3个在神经条件培养基中生长的诱导小胶质细胞样本（pMGL1-3+NCM）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别