超越淀粉样蛋白与tau:用于早期阿尔茨海默病检测的细胞多变量血液检测(iCAP)
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1372253),主题为超越淀粉样蛋白与 tau 的细胞多变量血液检测(iCAP),用于早期阿尔茨海默病检测

基本信息
资源简介
超越淀粉样蛋白与tau:用于早期阿尔茨海默病检测的细胞多变量血液检测(iCAP)
PRJNA1372253 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目记录,其标题为“Beyond amyloid-β and tau: A cell-based multivariate blood test (iCAP) for early Alzheimer’s detection”,中文可理解为“超越淀粉样蛋白-β与 tau:一种用于早期阿尔茨海默病检测的基于细胞的多变量血液检测(iCAP)”。该项目在分类上归属于神经系统疾病下的阿尔茨海默病方向,主题标签为转录组或基因表达。从标题与主题可以看出,该项目关注的是在传统淀粉样蛋白-β和 tau 之外,探索基于细胞的多变量血液检测方法,以期实现阿尔茨海默病的早期发现。BioProject 作为生物数据的集合性记录,为该项目所生成的不同类型数据提供了统一的查找入口。
【数据集背景】
该数据集对应的研究背景围绕阿尔茨海默病的早期检测展开。现有检测思路中,淀粉样蛋白-β与 tau 是常被关注的标志物,而本项目标题明确提出“超越”这两者,意味着其探索方向不局限于上述传统标志物,而是转向基于细胞的多变量血液检测,即 iCAP。项目归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病这一分类,说明其应用领域集中在神经退行性疾病的早期识别。BioProject 记录本身来自单一倡议、单一组织或联盟,旨在为用户提供一个集中位置,以查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题标签为转录组或基因表达,提示其数据与基因表达层面相关。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,即转录组或基因表达。这意味着项目所涉及的数据类型与转录组或基因表达相关。源站描述指出,BioProject 记录的作用是让用户在一个地方找到该项目生成的不同数据类型之间的链接。因此,该数据集的内容以 BioProject 记录的形式组织,汇集了与 iCAP 血液检测研究相关的数据入口。除主题标签所指示的转录组或基因表达方向外,源站未提供更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 的 BioProject 数据库,项目 ID 为 1372253。BioProject 的定义是:与单一倡议相关、来自单一组织或联盟的生物数据集合;BioProject 记录为用户提供一个单一位置,以查找为该项目的不同数据类型生成的链接。该项目的英文标题为“PRJNA1372253: Beyond amyloid-β and tau: A cell-based multivariate blood test (iCAP) for early Alzheimer’s detection”。关于样本采集方式、采集地点、采集时间、受试者信息等具体采集细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与阿尔茨海默病早期检测相关的研究场景,尤其是关注超越淀粉样蛋白-β与 tau 的基于细胞的多变量血液检测(iCAP)方向。其分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病,主题标签为转录组或基因表达,因此可服务于希望在基因表达或转录组层面查找该项目相关数据的用户。BioProject 记录本身适合作为查找该项目所生成的不同数据类型链接的入口。关于更具体的适用场景,如临床诊断、生物标志物验证或药物开发等,源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该项目记录,项目 ID 为 1372253。BioProject 记录的设计目的是为用户提供一个单一位置,以便找到为该项目的不同数据类型生成的链接。因此,使用方法上,用户可借助该记录定位并跳转至项目相关的各类数据。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或操作步骤,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject,属于生物数据集合性记录。其主题标签为转录组或基因表达,分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病。关于数据质量指标、样本量、验证状态、误差范围或局限性等具体信息,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库,项目 ID 为 1372253,英文标题为“PRJNA1372253: Beyond amyloid-β and tau: A cell-based multivariate blood test (iCAP) for early Alzheimer’s detection”。关于引用格式、许可条款或使用限制等具体信息,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1372253
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
摘要:背景:随着针对阿尔茨海默病(AD)的淀粉样蛋白β(Aβ)疗法处于激烈争论之中,临床需要能够反映Aβ和tau之外疾病生物学特征的诊断工具,以实现早期检测和患者分层。指示细胞检测平台(iCAP)是一种基于血液的诊断工具,其利用标准化细胞作为生物传感器,将复杂的循环信号转导为基因表达读数,进而用于训练多变量疾病分类器,以支持精准医学。我们开发了一种用于阿尔茨海默病早期检测的iCAP(AD-iCAP)。方法:在一项回顾性研究中,AD-iCAP的开发方法是将早期AD患者(轻度认知障碍或轻度痴呆)及年龄匹配对照者的库存血浆样本与标准化神经元共孵育;测量全转录组反应,并利用机器学习训练疾病分类器。对该检测进行了优化和分析验证。患者AD-iCAP数据被分为训练集、外部验证集和独立测试集,用于参数化模型并测试模型。
为尽量减少偏倚,建模特征选自一个预先定义(先验)的84基因组合,该组合来源于使用5xFAD小鼠血浆生成的独立AD-iCAP数据集。结果:我们利用三个队列中的191份库存血浆样本开发了AD-iCAP。在两组保留集上评估了性能:一个外部验证集(n=82;AUC 0.64,95% CI 0.51–0.78)和一个独立测试集(n=23,AUC 0.77,95% CI 0.57–0.96)。对差异反应谱的系统生物学分析显示,其与死后AD脑转录组一致,并富集了淀粉样蛋白之外的AD相关通路,包括胆固醇生物合成、突触结构/神经传递和NGF/TrkA信号传导(FDR < 0.05)。最终模型的特征包括与AD相关的基因AKT3、GPR50、PALLD和RGMA,这些基因与神经元信号传导及细胞骨架/轴突导向过程相关。结论
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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