阿尔茨海默病人鼻内嗅黏膜活检转录组分析

数据属于神经系统疾病/阿尔茨海默病方向,可用于探索阿尔茨海默病相关的基因表达特征与分子机制。源站未提供样本量、测序平台、具体分析方法及结论等信息(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1292861: Human intranasal olfactory biopsy analysis of Alzheimer's Disease subjects

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

阿尔茨海默病人鼻内嗅黏膜活检转录组分析

PRJNA1292861 是一个聚焦于人类鼻腔嗅黏膜活检样本的阿尔茨海默病研究项目,归属于神经系统疾病/阿尔茨海默病方向,主题标签为转录组或基因表达。该项目由 NCBI BioProject 数据库收录,旨在为阿尔茨海默病相关的基因表达特征与分子机制探索提供数据支撑。整体而言,该数据集围绕阿尔茨海默病受试者的鼻腔嗅黏膜活检展开,属于生物项目层面的数据集合,用户可通过 BioProject 记录获取指向该项目所产生各类数据的链接。源站未提供样本量、测序平台、具体分析方法及研究结论等细节,因此本介绍仅能依据已有信息进行组织,无法对研究设计和技术路线作出进一步说明。

【数据集背景】

阿尔茨海默病是一种常见的神经系统退行性疾病,其分子层面的改变涉及基因表达调控的多个环节。鼻腔嗅黏膜作为与中枢神经系统在胚胎发育上具有一定关联的外周组织,常被用于探索神经系统疾病的生物标志物与病理机制。该数据集以人类鼻腔嗅黏膜活检样本为研究对象,定位于阿尔茨海默病受试者,属于转录组或基因表达主题范畴。BioProject 作为生物数据的集合记录,将同一研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处,便于用户集中查找和访问。源站未提供该项目的具体研究背景、立项机构及研究目的等详细信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为转录组或基因表达,表明其数据内容与基因表达谱相关。项目名称明确指向人类鼻腔嗅黏膜活检分析,研究对象为阿尔茨海默病受试者。BioProject 记录本身提供的是指向该项目所生成各类数据的链接入口,而非直接的数据文件。源站未提供具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小以及基因表达的具体检测方法等信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,记录编号为 1292861,英文名称为 PRJNA1292861: Human intranasal olfactory biopsy analysis of Alzheimer's Disease subjects。BioProject 由单一机构或联盟发起,用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。源站未提供样本采集的具体地点、时间、受试者招募标准、伦理审批信息以及样本处理流程等细节。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病/阿尔茨海默病方向的探索性研究,可用于探索阿尔茨海默病相关的基因表达特征与分子机制。具体而言,研究人员可能将其用于转录组层面的比较分析、候选基因筛选或分子通路研究等场景。由于源站未提供样本量、测序平台及分析方法等信息,实际适用场景需结合项目所链接的具体数据文件加以判断。源站未提供该数据集在其他研究领域中的适用性说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,并借助记录中提供的链接查找该项目所生成的各类数据。BioProject 记录的设计目的即在于为用户提供单一入口,以定位同一研究计划下的多种数据类型。源站未提供具体的数据下载方式、分析流程、软件工具推荐以及数据处理步骤等信息。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 层面的记录,其质量与完整性取决于项目提交方所提供的数据及元数据。源站未提供样本量、测序平台、具体分析方法及结论等信息,因此无法对数据的技术质量、覆盖度及可靠性作出评估。用户在使用时应注意到,BioProject 记录本身不包含原始数据文件,需通过其链接进一步获取。源站未提供关于数据质量控制、批次效应、缺失值处理等方面的说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录标识为 BioProject ID 1292861。源站未提供该数据集的引用格式、许可协议、使用限制以及数据共享政策等信息。用户在使用该数据集时,应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据文件所附带的说明,以确认引用要求和许可条件。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1292861

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对来自人类嗅上皮的刷检样本(n = 22名供体)进行了单细胞RNA测序,样本涵盖了对照组(n = 6)、临床前(n = 9)和临床(n = 7)阿尔茨海默病阶段。该数据集包含约200,000个高质量活细胞,涵盖了神经元、上皮和免疫细胞系。这些图谱使得能够对与阿尔茨海默病进展相关的早期神经免疫变化进行比较分析,并为识别疾病的外周生物标志物提供了资源。总体设计:使用10X Genomics Chromium平台对来自22名成年人类对照组(n=6)、临床前阿尔茨海默病(n=9)或临床阿尔茨海默病(n=7)(基于认知功能和CSF Aβ42/Aβ40比值)的活体嗅上皮进行单细胞3’和5’ RNA测序,并在Illumina NovaSeqX上测序。对照受试者20、临床AD受试者21和临床AD受试者22为5’ scRNAseq,其余为3’ scRNAseq。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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